Este monasterio se fundó en la ciudad de Burgos en 1091, cuando los reyes Alfonso VI y Constanza de Borgoña hicieron donación de una capilla dedicada a San Juan Evangelista y un pequeño centro asistencial al monje Lesmes, venido de la abadía auvernesa de La Chaise-Dieu (Alto Loira). Este personaje fue el primer prior del nuevo establecimiento y una vez muerto (1097) fue venerado como santo y enterrado en la capilla de San Juan, que cambió de nombre y fue la predecesora (se derribó en 1382) de la actual iglesia de San Lesmes. Con el empuje inicial de la fundación se puso en funcionamiento la casa monástica, al tiempo que crecía la popularidad del centro asistencial que tenía cuidado de los peregrinos del camino de Santiago y que estaba a cargo de la comunidad benedictina. El monasterio quedó bajo la tutela de La Chaise-Dieu como priorato dependiente de aquella casa. Con el siglo XIII llegó también una época de decadencia del centro, situación que se prolongó en el tiempo, bajando de forma alarmante el número de miembros de la comunidad, hasta cuatro en el año 1400.

Quizás este fue el momento en que la decadencia del lugar llegó a su máximo; a partir de ahí se recuperó y aumentó la comunidad. En esta época mantuvieron diferencias con el obispo de Burgos por el control de la parroquia de San Lesmes, levantada a la sombra del monasterio de San Juan. San Juan continuó vinculado a La Chaise-Dieu hasta que en 1437 se integró a la Congregación de San Benito de Valladolid. En 1537 la situación del monasterio sufrió un nuevo giro a causa de un incendio que lo destruyó prácticamente en su totalidad, pero a pesar de estar a punto de quedar clausurado, aún se pudo levantar de nuevo. La actividad constructiva se prolongó hasta sufrir los efectos de la desamortización. Durante la primera mitad del siglo XIX, varias desamortizaciones deshicieron el patrimonio del monasterio y del hospital de San Juan (este a partir del 1855). Los monjes fueron expulsados ​​y nunca más recuperó ninguna función de tipo religioso, además de perder buena parte de su patrimonio mobiliario. Se intentó utilizar las instalaciones como cuartel y hospicio, pero finalmente se estableció una prisión. El huerto del convento fue utilizado más adelante para levantar unas instalaciones militares. Ahora, lo que queda del edificio monástico está ocupado por el Museo Municipal Marceliano Santa María que exhibe la obra de este pintor. Las ruinas de la iglesia han sido dotadas de una cubierta moderna, obra de los arquitectos José Manuel Barrio y Alberto Sainz de Aja del Moral.