Otra personalidad que incidió en la historia de esta abadía fue Pierre Roger, monje de La Chaise-Dieu que disfrutó de cargos de importancia hasta que en 1342 fue elegido papa con el nombre de Clemente VI, con sede en Aviñón. Este papa financió la reconstrucción de la abadía y a su muerte (1352) fue enterrado en la iglesia monástica, mientras que la obra constructiva fue continuada por Gregorio XI (1370-1378). Durante estos años el antiguo monasterio románico fue renovado prácticamente en su totalidad. La actividad constructora tuvo continuidad con el abad Jacques de Saint-Nectaire (1491-1518), este fue el último abad elegido por la comunidad, a partir de 1516 la casa fue puesta bajo el régimen de encomienda.

Después de esto la abadía entró en decadencia, situación que se agravó con las guerras de Religión, en 1562 la casa fue saqueada por los hugonotes y en 1574 fue víctima de un incendio, que la afectó de manera parcial. En 1640 el monasterio fue reformado, vinculándose a la congregación de Saint-Maur, que en adelante regiría el establecimiento. En 1645 fue víctima de un nuevo incendio, lo que obligó a la reconstrucción de una parte de las dependencias. La vida comunitaria quedó interrumpida con la Revolución, en 1790 quedó sin comunidad y el establecimiento sufrió saqueos.

La tapicería del coro

Sobre la sillería del coro monástico de la iglesia de La Chaise-Dieu se conserva una espléndida tapicería compuesta actualmente de once piezas, una de las cuales se encuentra en el Tesoro de la abadía. Los tapices son de tamaños diferentes, aunque de la misma altura, y representan diferentes episodios de la vida de Cristo combinados con escenas laterales, a la manera de un tríptico, con representaciones del Antiguo Testamento relacionadas con el episodio principal. Las escenas bíblicas que prefiguran los episodios de la vida de Cristo son muy variadas y iconográficamente poco habituales, su lectura viene ayudada por una inscripción explicativa combinada con medallones con figuras de profetas. La obra se hizo en época del abad Jacques de Saint-Nectaire (1491-1518), y se colgó en el año 1518. Originalmente tenía siete piezas más, que se han perdido, aún así la tapicería sobrevivió al saqueo de 1562 y a la Revolución.

Se trata de una pintura mural al fresco situada en la nave lateral de la iglesia abacial. Se fecha esta obra, que se encuentra inacabada, entre los años 1460 y 1470. Sobre un fondo rojizo se encuentran diferentes figuras representando personajes diversos son acompañados por otros personajes esqueléticos.