Esta casa monástica fue fundada por deseo de Claudius, señor de Chanteuges, que quiso instaurar una canónica, pero esto no se pudo hacer realidad hasta que su nieto, Cunabertus, canónigo de Saint-Julien de Brioude pudo llevar adelante la iniciativa el 936. Este instituyó un monasterio benedictino bajo la dirección de la abadía de Saint-Géraud de Aurillac, aunque tenía algunos lazos con la canónica de Brioude. La fundación y los derechos de la abadía fueron confirmados con una bula por el papa Calixto II en el año 1119.

La abadía de Saint-Marcellin de Chanteuges habría caído pronto en decadencia y durante la primera mitad del siglo XII estaba en manos ajenas a la comunidad e incluso se habla de que se había convertido en una madriguera de malhechores y asesinos. El último abad, impotente ante la situación, renunció al cargo y desde el obispado de Clermont se intentó su restauración tanto física como espiritual entregando Chanteuges al monasterio de La Chaise-Dieu. Aquel monasterio consiguió la renuncia a los derechos que tenía Brioude sobre el lugar y estableció un priorato, en el año 1175. Desde la Chaise-Dieu se reedificó la iglesia y mantuvo el priorato como propiedad suya hasta la Revolución. También se convirtió en lugar de residencia de sus abades, uno de ellos, Jacques de Saint-Nectaire (1491-1518), fue quien rehizo la iglesia y levantó la capilla de Sainte-Anne. Chanteuges sirvió de refugio a la comunidad de La Chaise-Dieu a mediados del siglo XVI, a causa de las guerras de Religión. A pesar del abandono en que quedó el monasterio después de la Revolución, aún conserva valiosos testimonios arquitectónicos de su pasado.