Una altra personalitat que va incidir en la història d’aquesta abadia fou Pierre Roger, monjo de La Chaise-Dieu que va gaudir de càrrecs d’importància fins que el 1342 fou escollit papa amb el nom de Climent VI, amb seu a Avinyò. Aquest papa va finançar la reconstrucció de l’abadia i a la seva mort (1352) fou enterrat a l’església monàstica, mentre que l’obra constructiva fou continuada per Gregori XI (1370-1378). Durant aquests anys l’antic monestir romànic fou renovat pràcticament en la seva totalitat. L’activitat constructora va tenir continuïtat amb l’abat Jacques de Saint-Nectaire (1491-1518), aquest fou el darrer abat elegit per la comunitat, a partir del 1516 la casa fou posada sota el règim de comenda.

Després d’això l’abadia va entrar en decadència, situació que es va agreujar amb les guerres de Religió, el 1562 la casa fou saquejada pels hugonots i encara el 1574 va ser víctima d’un incendi, que la va afectar de manera parcial. El 1640 el monestir fou reformat, vinculant-se a la congregació de Saint-Maur, que en endavant regiria l’establiment. El 1645 fou víctima d’un nou incendi, el que va obligar a la reconstrucció d’una part de les dependències. La vida comunitària va quedar estroncada amb la Revolució, el 1790 va quedar sense comunitat i l’establiment va patir saquejos.

La tapisseria del cor

Sobre el cadirat del cor monàstic de l’església de La Chaise-Dieu es conserva una esplèndida tapisseria composta actualment d’onze peces, una de les quals es troba al Tresor de l’abadia. Els tapissos són de mides diferents, tot i que de la mateixa alçada, i representen diferents episodis de la vida de Crist combinats amb escenes laterals, a la manera d’un tríptic, amb representacions de l’Antic Testament relacionades amb l’episodi principal. Les escenes bíbliques que prefiguren els episodis de la vida de Crist són molt variades i iconogràficament poc habituals, la seva lectura ve ajudada per una inscripció explicativa combinada amb medallons amb figures de profetes. L’obra es va fer en època de l’abat Jacques de Saint-Nectaire (1491-1518), i es va penjar l’any 1518. Originalment tenia set peces més, que s’han perdut, tot i així la tapisseria va sobreviure al saqueig de 1562 i la Revolució.

Es tracta d’una pintura mural al fresc situada en la nau lateral de l’església abacial. Hom data aquesta obra, que es troba inacabada, entre els anys 1460 i 1470. Sobre un fons rogenc diferents figures representant personatges diversos són acompanyats per altres personatges esquelètics.