Portomarín era un lugar estratégico en la edad media debido a su situación, junto a un puente de origen romano sobre el Miño en el Camino de Santiago. En este punto existía, al menos desde el 922, el monasterio femenino de Santa Mariña, que durante el siglo XII era de propiedad real (en 1102 pertenecía a la infanta Urraca de León). El 1158 su nieto, Fernando II, dio aquel monasterio a la orden del Hospital conjuntamente con otros bienes que se añadirían a algunas propiedades que la orden ya tenía de época anterior. Los hospitalarios mantuvieron un hospital de peregrinos en este punto clave del camino, además de construir la iglesia de San Nicolás, también conocida como San Xoán. La encomienda hospitalaria de Portomarín se convirtió en un centro de cierta importancia gracias a las donaciones de tierras, iglesias y otros bienes que fueron recibiendo en el transcurso de los tiempos, donaciones efectuadas por personajes con suficiente poder económico, incluso por el rey Fernando III (el año 1232).

Delante de la iglesia de San Nicolás se encontraba la casa de la encomienda de Portomarín levantada hacia el 1475 por el comendador Juan Piñeiro, según una inscripción en la fachada conservada en el lugar hasta que el pueblo quedó anegado por las aguas del pantano de Belesar, a partir del 1959. En la parte posterior de la iglesia se encontraba el hospital de peregrinos, un edificio de principios del siglo XVI levantado por un comendador también llamado Juan Piñeiro. Estas dos construcciones desaparecieron bajo las aguas mientras que la iglesia de San Nicolás se trasladó restaurada al nuevo emplazamiento del pueblo, se trata de una construcción de nave única con ábside semicircular, tiene aspecto de fortaleza debido a las almenas que rematan la construcción.