Portomarín era un lloc estratègic a l’edat mitjana a causa de la seva situació, al costat d’un pont d’origen romà sobre el Miño en el Camí de Sant Jaume. En aquest punt existia, al menys des del 922, el monestir femení de Santa Mariña, que durant el segle XII era de propietat reial (el 1102 pertanyia a la infanta Urraca de Lleó). El 1158 el seu nét, Ferran II, va donar aquell monestir a l’orde de l’Hospital conjuntament amb altres béns que s’afegirien a algunes propietats que l’orde ja tenia d’època anterior. Els hospitalers van mantenir un hospital de pelegrins en aquest punt clau del camí, a més de construir l’església de San Nicolás, també coneguda com San Xoán. La comanda hospitalera de Portomarín va esdevenir un centre de certa importància gràcies a les donacions de terres, esglésies i altres béns que van anar rebent en el decurs dels temps, donacions efectuades per personatges amb prou poder econòmic, fins i tot pel rei Ferran III (l’any 1232).

Al davant de l’església de San Nicolás es trobava la casa de la comanda de Portomarín aixecada cap el 1475 pel comanador Juan Piñeiro, segons una inscripció a la façana conservada en el lloc fins que el poble va quedar negat per les aigües del pantà de Belesar, a partir del 1959. A la part posterior de l’església es trobava l’hospital de pelegrins, un edifici de començament del segle XVI aixecat per un comanador també anomenat Juan Piñeiro. Aquestes dues construccions van desaparèixer sota les aigües mentre que l’església de San Nicolás es va restaurar i traslladar al nou emplaçament del poble, es tracta d’una construcció de nau única amb un absis semicircular, té aspecte de fortalesa a causa dels merlets que rematen la construcció.