Traditionnellement, le martyr saint Eutrope est considéré comme le premier évêque de Saintes ; certains récits le placent aux débuts du christianisme, envoyé pour évangéliser la Gaule au Ier siècle. D’autres versions le situent au IIIe siècle, en lien avec saint Denis de Paris.
C’est l’un de ses successeurs à l’épiscopat, saint Pallais (573-596), qui découvrit sa tombe à la fin du VIe siècle et fit transférer ses reliques dans une église qu’il fonda et dédia à l’évêque saint, ce qui en fit un lieu de pèlerinage. L’existence d’un ancien monastère est également mentionnée ; on en trouve trace en 1056, alors qu’il était aux mains de seigneurs laïcs. En 1081, Guillaume VIII d’Aquitaine, comte de Poitiers, fit don du lieu à l’abbaye de Cluny après en avoir pris possession.
L’abbaye bourguignonne y établit un prieuré, ce qui entraîna la reconstruction de l’église, consacrée en 1096 en présence du pape Urbain II. Saint-Eutrope accueillit alors les reliques du saint patron, devint un lieu de pèlerinage et connut un essor important. Deux espaces superposés furent construits : une crypte destinée à la vénération des reliques, facilitant la circulation des pèlerins, et au-dessus, l’église priorale, pratiquement de mêmes dimensions mais avec une nef supplémentaire.

Plan de l'église supérieure
L’église fut modifiée à des époques ultérieures, notamment à cause des destructions subies pendant les guerres de Religion (1568). La communauté monastique fut dissoute à la Révolution, et peu après, en 1803, en raison du risque d’effondrement, la nef principale fut fermée à partir du transept, qui disparut par la suite. L’église et la crypte furent construites entre les XIe et XIIe siècles. La crypte, avec déambulatoire et trois absides rayonnantes, possède une abside centrale qui fut reconstruite et agrandie par la suite. Les deux niveaux comportent un transept.
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