La fundación de esta casa se ha atribuido a san Leoniano un personaje relacionado con san Eugendo (Oyend) y los padres del Jura que se habría trasladado a Vienne buscando un lugar de retiro. Fundó el monasterio de Saint-Piere y este de Saint-André-le-Haut (femenino) que ya estaría en funcionamiento a principios del siglo VI. La historia de Saint-André-le-Haut está llena de interrogantes y lagunas debido a la pérdida de su archivo. No hay detalles del monasterio hasta el 815 cuando éste pasa a manos del arzobispo, parece que la casa no había sufrido directamente el ataque de los sarracenos a Vienne pero sí sus consecuencias. El 875 el monasterio fue puesto bajo el control de Bosón (c844-887) cuñado de Carlos el Calvo y conde de Vienne, permaneció sometido a la corona hasta que el 1031 vino una comunidad de monjas de la abadía de Saint-Césaire de Arlés (Bocas del Ródano) y quedó sometida a la autoridad episcopal. Se desconoce qué regla seguía la comunidad hasta ese momento, pero en adelante sería la Regla de San Benito.

Es en esta época que se construyó una nueva iglesia de la que se han encontrado restos importantes en unas excavaciones recientes, este edificio tiene un precedente en una construcción anterior (s VI-VII) mucho más pequeña y considerada un posible mausoleo. En 1474 una bula del papa Sixto IV ponía el monasterio bajo la jurisdicción inmediata de la Santa Sede, privilegio que fue derogado en 1595 por el papa Clemente VIII. En 1546 fue nombrada la primera abadesa por designación real, sin intervención de la comunidad. En 1562, durante las guerras de Religión, la casa fue asaltada y sufrió graves desperfectos mientras la comunidad se vio obligada a huir. En los primeros decenios del siglo XVII se trabajaba en la restauración y renovación de las dependencias monásticas. La Revolución acabó con la vida monástica en este lugar, el monasterio se dividió en lotes y vendió, lo que conllevó cambios de uso y pérdidas en los edificios aunque globalmente se conservó la estructura. La iglesia fue clausurada y dejó de mantener los servicios parroquiales que hasta entonces había asumido. En 1998 el lugar pasó a propiedad pública y últimamente se han llevado a cabo importantes trabajos de excavación y estudio del lugar.