La fundació d’aquesta casa s’ha atribuït a sant Leonià un personatge relacionat amb sant Eugend (Oyend) i els pares del Jura que s’hauria traslladat a Viena del Delfinat cercant un lloc de retir. Va fundar el monestir de Saint-Pierre i aquest de Sant-André-le-Haut (femení) que ja estaria en funcionament a començament del segle VI. La història de Saint-André-le-Haut és plena d’interrogants i llacunes a causa de la pèrdua del seu arxiu. No hi ha detalls del monestir fins el 815 quan aquest passa a mans de l’arquebisbe, sembla que la casa no havia patit directament l’atac dels sarraïns a Viena però hauria sofert les seves conseqüències. El 875 el monestir fou posat sota el control de Bosó (c844-887) cunyat de Carles el Calb i comte de Viena, va romandre sotmès a la corona fins que el 1031 va venir una comunitat de monges de l’abadia de Saint-Césaire d’Arle (Boques del Roine) i va quedar sotmesa a l’autoritat episcopal. Hom desconeix quina regla seguia la comunitat fins aquell moment, però en endavant seria la Regla de Sant Benet.

És en aquesta època que es va bastir una nova església de la que s’han trobat restes importants en unes excavacions recents, aquest edifici té un precedent en una construcció anterior (s VI-VII) molt més petita i considerada un possible mausoleu. El 1474 una butlla del papa Sixte IV posava el monestir sota la jurisdicció immediata de la Santa Seu, privilegi que fou derogat el 1595 pel papa Climent VIII. El 1546 fou nomenada la primera abadessa per designació reial, sense intervenció de la comunitat. El 1562, durant les guerres de Religió, la casa fou assaltada i va patir greus desperfectes mentre la comunitat es va veure obligada a fugir. En els primers decennis del segle XVII es treballava en la restauració i renovació de les dependències monàstiques. La Revolució va acabar amb la vida monàstica en aquest indret, el monestir es va dividir en lots i vendre, el que va comportar canvis d’ús i pèrdues en els edificis tot i que globalment es va conservar l’estructura. L’església fou clausurada i va deixar de mantenir els serveis parroquials que fins llavors havia assumit. El 1998 el lloc va passar a propietat pública i darrerament s’han portat a terme importants treballs d’excavació i estudi del lloc.