Las clarisas de Santarém se establecieron aquí en 1259, cuando el papa Alejandro IV autorizó el traslado de una comunidad de monjas fundada en Lamego (Viseu) el año anterior y cuando todavía no se habían terminado de establecer en aquel lugar, aquella primera casa estaba bajo la advocación de Santa María y Santa Clara. El cambio de ubicación se debía producir a causa de su lejanía a los conventos franciscanos, hay que tener en cuenta que el convento de São Francisco de Santarém ya había sido fundado en 1242. Con el traslado quedó bajo la advocación única de Santa Clara. En 1517 el convento fue reformado pasando a observante, no sin oposición de las monjas, con la llegada de una comunidad de Lisboa. El monasterio quedó extinguido el 1834 y se mantuvo hasta la muerte de la última monja, en 1902. Del monasterio únicamente se conserva la iglesia gótica aunque con las muchas modificaciones sufridas en su estructura en el transcurso de los siglos.