Este convento agustino fue fundado desde la casa de esta orden de Lisboa en 1376, gracias a la iniciativa de los condes de Ourém, João Afonso Telas de Meneses y su esposa Guiomar de Vilalobos. Cuando los agustinos llegaron a Santarém y mientras se construía la iglesia, ocuparon la casa palacio de los condes. La primera piedra de la iglesia se puso en 1380 y su construcción se prolongó hasta el primer cuarto del siglo XV. Durante los siglos siguientes se fueron haciendo modificaciones y mejoras a la construcción inicial. La casa monástica fue clausurada en 1834 y desde entonces se dedicó a centro asistencial. Desde la segunda mitad del siglo XX se ha ido restaurando.