Aquest convent agustí fou fundat des de la casa d’aquest orde de Lisboa el 1376, gràcies a la iniciativa dels comtes d’Ourém, João Afonso Teles de Meneses i la seva esposa Guiomar de Vilalobos. Quan els agustins van arribar a Santarém i mentre es bastia l’església, van estar-se en la casa palau dels comtes. La primera pedra de l’església es va posar el 1380 i la seva construcció es va perllongar fins el primer quart del segle XV. Durant els segles següents es van anar fent modificacions i millores a la construcció inicial. La casa monàstica fou clausurada el 1834 i des de llavors es va dedicar a centre assistencial. Des de la segona meitat del segle XX s’ha anat restaurant.