Les clarisses de Santarém van establir-se aquí el 1259, quan el papa Alexandre IV va autoritzar el trasllat d’una comunitat de monges fundada a Lamego (Viseu) l’any anterior i quan encara no s'hi havien acabat d'establir, aquella primer casa estava sota l’advocació de Santa Maria i Santa Clara. El canvi d’ubicació es devia produir a causa de la seva llunyania als convents franciscans, cal tenir en compte que el convent de São Francisco de Santarém ja havia estat fundat l’any 1242. Amb el trasllat va quedar sota l’advocació única de Santa Clara. El 1517 el convent fou reformat passant a observant, no sense oposició de les monges, amb l’arribada d’una comunitat de Lisboa. El monestir va quedar extingit el 1834 i es mantingué fins la mort de la darrera monja, el 1902. Del monestir únicament es conserva l’església gòtica bé que amb les moltes modificacions sofertes en la seva estructura en el decurs dels segles.