La parroquia de Organyà ya se menciona en 819 en el acta de consagración de Santa Maria de la Seu d’Urgell, pero no es hasta el 993 que se encuentran los primeros datos en el testamento del conde Borrell II donde le deja dos yeguas y dos vacas. En época del obispo de Urgell Sal·la (981-1010), los señores del valle de Cabó levantaron una nueva iglesia en Organyà, que pronto fue sustituida por otra, en época del obispo Guillem Guifré (1042-1065 ).
A pesar de la voluntad de instaurar una canónica en el momento de construcción de la iglesia, esto no llegó a hacerse efectivo y el lugar quedó a cargo de un clérigo. Debido al mal comportamiento de aquel clérigo y de la pérdida de los documentos de la iglesia a raíz de un incendio, en el año 1090 se convocó una reunión en la misma iglesia bajo la dirección de los señores de Caboet (Guitard y Gibel·linda) y del obispo Bernat Guillem, donde se acordó la fundación de una canónica seguidora de la Regla de San Agustín, al tiempo que le daban o confirmaban varios bienes y rentas que debían garantizar su subsistencia. Las donaciones a favor de la casa se fueron sucediendo en el tiempo. El 1156 se fundaba también un hospital junto a la canónica, responsabilizándose esta última de su administración.
En 1224, después de una serie de pleitos, la canónica se independizó de la mitra de Urgell. En 1539 el papa Pablo III la unió a la mensa capitular de Urgell y se secularizó, con un prior y siete canónigos. Siguió como colegiata hasta 1851, fecha a partir de la cual quedó como iglesia parroquial. No hay vestigios de la primera iglesia del siglo IX, las más antiguas que se han podido localizar corresponden al edificio construido en el siglo XI, una construcción que se fue ampliando y modificando con el paso de los años según las necesidades, añadiendo una segunda nave y un claustro en el lado sur, del que hay restos a nivel arqueológico ocupando el espacio de la plaza actual.
De esta canónica proceden las conocidas Homilías de Organyà, ahora en la Biblioteca de Catalunya, unos sermones comentados con finalidad didáctica que se conservan parcialmente, los escritos pueden situarse en el entorno del 1203 y representan unos de los testimonios más antiguos de la lengua catalana.
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