La parròquia d’Organyà ja s’esmenta l’any 819 en l’acta de consagració de Santa Maria de la Seu d’Urgell, però no és fins el 993 que es troben les primeres dades en el testament del comte Borrell II on li deixa dues eugues i dues vaques. En època del bisbe d’Urgell Sal·la (981-1010), els senyors de la vall de Cabó van aixecar una nova església a Organyà, que ben aviat fou substituïda per una altra, en època del bisbe Guillem Guifré (1042-1065).
Tot i la voluntat d’instaurar una canònica en el moment de construcció de l’església, això no va arribar a fer-se efectiu i el lloc va quedar a càrrec d’un clergue. A causa del mal comportament d’aquell clergue i de la pèrdua dels documents de l’església arran d’un incendi, l’any 1090 es va convocar una reunió a la mateixa església sota la direcció dels senyors de Caboet (Guitard i Gibel·linda) i del bisbe Bernat Guillem, on es va acordar la fundació d’una canònica seguidora de la Regla de Sant Agustí, alhora que li donaven o confirmaven diversos béns i rendes que havien de garantir la seva subsistència. Les donacions a favor de la casa es van anar succeint en el temps. El 1156 es fundava també un hospital al costat de la canònica, responsabilitzant-se aquesta darrera de la seva administració.
El 1224, després d'un seguit de plets, la canònica s'independitzà de la mitra d'Urgell. El 1539 el papa Pau III la va unir a la mensa capitular d'Urgell i es va secularitzar, amb un prior i set canonges. Va seguir com a col·legiata fins el 1851, data a partir de la qual restà com església parroquial. No hi ha vestigis de la primera església del segle IX, les més antigues que s’han pogut localitzar corresponen a l’edifici bastit al segle XI, una construcció que es va anar ampliant i modificant amb el pas dels anys segons les necessitats, afegint una segona nau i un claustre al costat sud, del que hi ha restes a nivell arqueològic, ocupant l’espai de la plaça actual.
Interior de l'església (1923)
Fotografia de Josep Salvany
Biblioteca de Catalunya
D’aquesta canònica hi procedeixen les conegudes Homilies d’Organyà, ara a la Biblioteca de Catalunya, uns sermons comentats amb finalitat didàctica que es conserven parcialment, els escrits poden situar-se a l’entorn del 1203 i representen uns dels testimonis més antics de la llengua catalana.
- BARAUT, Cebrià i altres (1994). IXè centenari de la fundació de la canònica augustiniana de Santa Maria d’Organyà (1090-1990). Llelda: Pagès Ed.
- BELMONTE, Cristina (2015). La col·legiata de Santa Maria. Resultats de la intervenció arqueològica a la Plaça Major d'Organyà. V Congrés d’Arqueologia medieval i moderna a Catalunya. Barcelona: ACRAM
- BOLÓS, Jordi; HURTADO, Vicenç (2006). Atles del comtat d'Urgell (v788-993). Barcelona: Rafael Dalmau
- CASES I LOSCOS, Maria Lluïsa (1992). Santa Maria d'Organyà. Catalunya romànica. Vol. VI. L'Alt Urgell, Andorra. Barcelona, Enciclopèdia Catalana
- GAVÍN, Josep M. Inventari d'esglésies. Vol. 18. Alt Urgell, Andorra. Arxiu Gavín
- MARQUÈS, Josep M.; i altres (2021). Diplomatari de Santa Maria d’Organyà. Urgellia, núm. 20. Seu d’Urgell: Societat Cultural Urgel·litana
- REYNER, Joan Ramon (2014). Memòria control i seguiment arqueològic. Església de Santa Maria d'Organyà
L'església de Santa Maria d'Organyà és al centre d'aquesta població