El convento de los dominicos fue erigido por la iniciativa de Ermengol X (conde de Urgell entre el 1268 y 1314) tal como había dispuesto en su testamento otorgado en 1314 en el que también lo dotó con bienes y rentas. A pesar de esta disposición, la construcción no arrancó hasta 1323, cuando Jaime II obtuvo del papa Juan XXII la correspondiente licencia. Consta que ya estaba habitado en 1333.
Se empezó a levantar una iglesia de una única nave, con capillas laterales entre los contrafuertes. La cubierta era de madera de doble vertiente y sostenida por arcos de diafragma. En 1350 estaba todavía en construcción, dado que hay constancia de que el obispo de Urgell reclamaba la finalización de la obra iniciada. Balaguer sufrió especialmente los efectos de las luchas que significaron la desaparición del condado de Urgell. En 1413 Jaume II el Dissortat, opuesto a Ferran de Antequera, fue encarcelado, el Castell Formós saqueado y también Sant Domènec se vio muy afectado, perdiéndose el claustro y dejando el resto de la casa en ruinas. Se tiene noticia de que Ferran de Antequera asignó 2.100 florines para la restauración de este monasterio. La iglesia se tuvo que reconstruir en buena parte.
El lugar quedó afectado de nuevo por la guerra de Sucesión, en esta ocasión se perdió la fachada de la iglesia que se reconstruyó de una manera simple, esta restauración lleva la fecha de 1716. En el siglo XIX continuaron los infortunios para el convento, en 1810 los frailes se vieron obligados a huir temporalmente por miedo a los franceses. Pudieron regresar pero en 1835 la comunidad debió abandonarlo, esta vez definitivamente. Se subastó en 1844 y finalmente pasó a manos municipales, con el paso de los tiempos fue utilizado con diversos fines, religiosos, asistenciales e incluso se convirtió en cuartel.
En 1881 fue adquirido por los franciscanos que aún permanecen en él. En 1949 sufrió los efectos de un incendio, posteriormente se declaró Monumento Nacional y se ha restaurado, aunque parcialmente. Desde 1982 tiene una residencia geriátrica anexa. Del convento hay que mencionar la iglesia y el claustro. La iglesia restaurada es de nave única, con cinco capillas a cada lado, entre los contrafuertes. La fachada, de comienzos del siglo XVIII, es lisa y prácticamente sin decoración.
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