Santa Maria d'Almatà, actualmente santuario del Sant Crist, es una iglesia que se encuentra documentada desde el año 1091, en la época del conde Ermengol IV de Urgell. Fue la iglesia mayor de Balaguer y sede de una canónica. Esta situación se mantuvo hasta que en 1351 se hizo una permuta según la cual la canónica se trasladaba a Sant Salvador, en el nuevo centro de la ciudad, y se cedía Santa Maria d’Almatà a la comunidad de clarisas.
La fundación del monasterio de clarisas fue promovida por el conde Jaume I de Urgell (hijo de Alfonso el Benigno) y su esposa Cecilia de Comenge, que en 1347 habían obtenido la bula de Clemente VI autorizándolo. En ese acto participó también Elisenda de Montcada (fundadora de Pedralbes) y la primera abadesa de la nueva casa fue Margarida de Montcada, su sobrina. Para esta fundación, el Papa autorizó también el traslado de unas monjas clarisas desde Nápoles. Algunos obstáculos retrasaron la fundación hasta en 1351 cuando llegó la primera comunidad formada por las monjas que hasta entonces estaban provisionalmente en el monasterio de Pedralbes. En Balaguer toparon con la oposición del nuevo obispo de Urgell, Hug, que incluso llegó a excomulgar a toda la comunidad, situación que se mantuvo hasta el 1361.
Desde el momento de su fundación la casa de las clarisas tenía una comunidad de frailes menores para el servicio religioso de la comunidad, que se conoce como Conventet, de marera análoga a lo que sucedía en Pedralbes. El 1413, a raíz de un asedio, el convento fue abandonado y cayó en ruina. Sufrió una larga época de decadencia, en la que aún acogió la comunidad de Santa Clara de Puigcerdà que se había visto obligada a abandonar su establecimiento también debido a la mala situación. Se cerró en 1610 debido a la poca vitalidad del lugar.
En 1617 comenzaba la construcción de un nuevo edificio donde se trasladó la imagen de talla del Sant Crist, muy venerada (1626). Las clarisas han estado siempre muy vinculadas con esta imagen, su veneración y el propio santuario del Sant Crist de Balaguer. En 1622, el convento fue repoblado con monjas procedentes de Tarragona. La iglesia sufrió daños en 1711 y fue reconstruida en 1787. Las religiosas tuvieron que abandonarlo en 1836 debido a la desamortización, perdieron sus bienes y se trasladaron a una casa de la ciudad, en 1845 fueron al antiguo convento de Sant Josep. Regresaron en 1868 después de restaurar la casa que había quedado en ruinas. En el decenio de 1920 el santuario fue reconstruído y restaurado de nuevo. También sufrió los efectos de la guerra Civil (1936) cuando la comunidad se dispersó. En 2006 se estableció una nueva comunidad de clarisas, la tercera que ocupa este lugar.
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- TRIVIÑO, María Victoria (2020). Monasterio de Santa Clara en Balaguer. Dos tradiciones que sustentan su historia. La clausura femenina en España e Hispanoamérica: Historia y tradición viva
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