Los franciscanos llegaron a Balaguer seguramente en el siglo XIII para instalarse en la ciudad aunque su existencia no se documenta hasta el 1372. Se cree que aquel primer establecimiento es el mismo que sirvió monasterio de Santa Clara (conventet) fundado a mediados del siglo XIV en la antigua iglesia parroquial de Santa Maria d'Almatà. Aquel convento fue derribado en el asedio de 1413.
Una bula del papa Eugenio IV de 1443 autorizó la fundación del convento observante de Balaguer en otro lugar, dedicándolo a Santa Maria de Jesús. La guerra de los Segadores lo dañó y los frailes se vieron obligados a refugiarse en una casa cerca de la iglesia del Miracle, antigua sinagoga judía, mientras se reconstruía Santa Maria de Jesús, una obra que comenzó en 1659. A mediados del siglo XVIII regresaron a su convento, ya reconstruido. Se vio afectado de nuevo en 1810, esta vez por la guerra de la Independencia, y más adelante durante el Trienio Liberal (1820-23).
Fue suprimido en 1835, cuando la comunidad tenía 14 miembros. En 1881 se pudo restaurar la comunidad franciscana que se estableció en el antiguo convento de Sant Domènec, que restauraron. Las dependencias conventuales de Santa Maria de Jesús habían pasado en 1844 a manos particulares y se utilizó de almacén. A partir de 1985 se remodeló profundamente para adaptarlo como sede del Consell Comarcal de la Noguera.
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- GAVÍN, Josep M. (1982). Inventari d'esglésies. Vol. 12 Noguera. Barcelona: Arxiu Gavín
- SANAHUJA, Pedro (1959). Historia de la seráfica provincia de Cataluña. Barcelona: Ed. Seráfica