Els franciscans van arribar a Balaguer segurament al segle XIII per instal·lar-se a la ciutat tot i que la seva existència no es documenta fins el 1372. Hom creu que aquell primer establiment és el mateix que va servir de “conventet” al monestir de Santa Clara fundat a mitjan del segle XIV a l’antiga església parroquial de Santa Maria d'Almatà. Aquell convent fou enderrocat en el setge de 1413.
Ara seu del Consell Comarcal de la Noguera
Una butlla del papa Eugeni IV de l’any 1443 va autoritzar la fundació del convent observant de Balaguer en un altre indret dedicant-lo a Santa Maria de Jesús. La guerra dels Segadors el va malmetre i els frares es van veure obligats a refugiar-se en una casa prop de l'església del Miracle, antiga sinagoga jueva, mentre es reconstruïa Santa Maria de Jesús, una obra que va començar el 1659. A mitjan del segle XVIII tornaren al seu convent, ja reconstruït. Es va veure afectat un altre cop el 1810, aquest cop per la guerra del Francès, i més endavant durant el Trienni Liberal (1820-23).
Fou suprimit el 1835, quan la comunitat tenia 14 membres. El 1881 es va poder restaurar la comunitat franciscana que es va establir a l’antic convent de Sant Domènec, que van refer. Les dependències conventuals de Santa Maria de Jesús havien passat el 1844 a mans particulars i es va utilitzar de magatzem. A partir del 1985 es va remodelar profundament per adaptar-lo com a seu del Consell Comarcal de la Noguera.
Plan du passage (...) a la Riviere de Segre en Catalogne
N. Delafage, 1645
Bibliothèque nationale de France
Detall de Vista meridional de la ciudad de Balaguer
Il·lustració de Atlante español, ó Descripcion general geográfica, cronológica, è histórica de España
Biblioteca Nacional de España
- BARRAQUER I ROVIRALTA, Gaietà (1906). Las casas de religiosos en Cataluña durante el primer tercio del siglo XIX. Tomo I. Barcelona: F. J. Altés
- BOADAS, Agustí (2014). Els franciscans a Catalunya. Història, convents i frarades (1214-2014). Lleida: Pagès Ed.
- GAVÍN, Josep M. (1982). Inventari d'esglésies. Vol. 12 Noguera. Barcelona: Arxiu Gavín
- SANAHUJA, Pedro (1959). Historia de la seráfica provincia de Cataluña. Barcelona: Ed. Seráfica
El convent de Jesús és a la sortida de la ciutat, per la carretera de Menàrguens