En 1589 el Consejo de la ciudad autorizó el establecimiento de los carmelitas descalzos en Lleida de acuerdo con la propuesta efectuada años antes por fray Juan de Jesús Roca, provincial de esta orden. El mismo año ya adquirieron la casa del Sant Drap en la calle Cavallers, donde ahora se encuentra la iglesia de la cofradía de la Mare de Déu dels Dolors, con el fin de establecerse provisionalmente. La primera comunidad estaba formada por frailes procedentes de las casas de Mataró y
Tàrrega.
Aquel primer convento no reunía las condiciones adecuadas para su actividad, era pequeño y sufría graves deficiencias, por eso intentaron ampliarlo, pero más adelante buscaron otro lugar donde levantar un nuevo edificio. El lugar lo encontraron cerca de la iglesia de Sant Llorenç y pese a las dificultades económicas que sufrían, adquirieron los terrenos y empezaron la construcción del nuevo convento. En 1595 habrían levantado ya las dependencias indispensables y pudieron efectuar el traslado a la nueva casa, aunque las obras todavía no habían terminado. En 1600 se formalizó la venta de la antigua casa de la calle Cavallers, acto por el que habían obtenido anteriormente las licencias oportunas.
La guerra de Els Segadors afectó de lleno a la construcción del convento y a la propia comunidad, aunque con menos virulencia que otros establecimientos monásticos situados fuera de los muros de la ciudad, que lo sufrieron con mayor intensidad. En 1641, en el convento de Sant Josep sólo quedaron tres religiosos mientras que sus dependencias estaban ocupadas militarmente. Pese al estado en que quedó esta casa una vez se fueron los soldados, aún pudo dar refugio de forma provisional a las monjas del convento de Santa Clara, que había resultado afectado de lleno por los episodios bélicos. Una vez recuperados de la sacudida, en 1664 se impulsó la reconstrucción del convento y ampliación de la iglesia con el añadido de las capillas laterales, a poniente de ésta.
Apenas recuperado, el convento resultó de nuevo dañado, ahora a raíz de la guerra de Sucesión, el lugar fue saqueado y los frailes exclaustrados. Pasado este episodio, los carmelitas restauraron de nuevo su convento, a pesar de las penurias económicas que pasaban. El siglo XIX supuso aún más infortunios: en 1810, con la guerra de la Independencia el lugar fue ocupado militarmente, pero el golpe final lo recibió con la desamortización de 1835, cuando fue exclaustrado de forma definitiva y la propiedad pasó a manos públicas. El convento fue más adelante sede de la Casa de la Misericòrdia. Ya en el siglo XX, sufrió los efectos de la guerra civil, con nuevas destrucciones y su transformación en hospital militar, después de este paréntesis fue restaurado de nuevo y continuó con su actividad asistencial, hasta que en 2003 comenzaron las obras de derribo de buena parte de la casa para levantar el nuevo Museu de Lleida, inaugurado en 2007.
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