En aquest lloc existia d’antic una ermita dedicada a Nuestra Señora del Parral, propietat del capítol catedralici. El 1447 Juan Pacheco, Marqués de Villena i possiblement actuant per compte del futur monarca Enric IV de Castella, va formalitzar una dotació econòmica destinada a la fundació d’un monestir en aquell lloc i fra Rodrigo de Sevilla, prior de San Blas de Villaviciosa, es va encarregar de fer-ho realitat. Les obres van començar el 1454 ja sota Enric IV i l’església el 1486, sota la direcció de Juan Gallego. A la mort de Pachecho, el 1474, aquest fou enterrat a la capella major. Després d’una aturada, la construcció del monestir va acabar el 1503. Aquest establiment monàstic fou saquejat el 1808 durant la guerra del Francès i exclaustrat el 1835. Els jerònims hi van tornar el 1925, quan es va procedir a la restauració del conjunt monumental. Malgrat que la desamortització també va tenir efectes sobre els béns mobles del monestir, el lloc encara conserva un important conjunt d’obres de tota mena. D’aquí procedeix «La Fuente de la Gracia» atribuïda a Jan van Eyck, ara al Prado.