Es tracta d'un convent de servites fundat el 1605 en el lloc d’una antiga capella dedicada a Nostra Senyora de Gràcia que Camós considera que ja existia el 1381, tot i que és força improbable.
Una llegenda diu que la imatge de la Mare de Déu que es venerava en aquella primera església fou portada de manera sobrenatural des d’algun indret de Castella a causa de l’estat d’abandó en que es trobava en el lloc original. El convent va mantenir la seva activitat fins l’exclaustració, quan la comunitat es va dispersar. Entre els anys 1914 i 1936 es va restaurar l’església com a seu del museu de la zona arqueològica que l’envolta.
Bibliografia:
- BADIA I HOMS, Joan (1985). L’arquitectura medieval de l’Empordà. Vol. II-A. Girona: Diputació de Girona
- CAMÓS, Narcís (1657). Jardín de María. Barcelona: Plantada
- GAVÍN, Josep M. (1983). Inventari d’esglésies. Vol. 13, Alt Empordà. Barcelona: Arxiu Gavín
- SERRA, Pedro (1736). Prodigios y finezas de los santos angeles hechas en el Principado de Cataluña. Barcelona: Jaime Surià