Dice la tradición que este convento tiene un origen muy antiguo, incluso se relaciona con la época fundacional de la ciudad, pero no es hasta mucho más adelante que se encuentran noticias más concretas y documentadas de este lugar. Por otra parte, Enrique Flórez y fray Pedro de Loviano dicen que es anterior al año 1040, cuando se sitúa aquí una comunidad de eremitas agustinianos en una iglesia de San Andrés relacionada con las figuras de san Domingo de Silos (s. XI) y de san Julián de Cuenca (1127-1208).
Es en esta iglesia donde más adelante se veneraría la imagen milagrosa del Cristo de Burgos que la tradición dice que ya estaba en este lugar en la época de san Domingo y que había sido recuperada de forma sobrenatural del mar y traída hasta aquí. La devoción a esa imagen se extendió gracias a sus virtudes dando más relieve al pequeño monasterio de San Andrés. Blanca de Portugal (1259–1321) hija de Alfonso III, fue benefactora de este convento, en 1287 la infanta hizo donación de unos terrenos para ampliar el convento primitivo, después ingresaría en el monasterio de Las Huelgas donde moriría y fue enterrada en 1321. Los primeros frailes agustinos habrían llegado antes de 1294, fecha en la que se hizo una concesión de agua para las necesidades de la casa. La iglesia se reconstruiría ya bien entrado el siglo XV.
En 1534 se celebró un capítulo provincial en ese lugar, entonces su prior era Tomás de Villanueva que fue elegido Provincial de la circunscripción agustiniana de Castilla, después sería arzobispo de Valencia y, a su muerte, canonizado. A principios del siglo XX se encontraba en decadencia y los acontecimientos sociales de la época agravaron su situación, durante la guerra de la Independencia resultó prácticamente destruido y la iglesia tuvo que reconstruirse más tarde, después sería suprimido con la desamortización y en 1863 el lugar fue adquirido por la Diputación Provincial. En 1982 las ruinas fueron protegidas y se rehabilitó, destacando especialmente los restos del claustro
- ALONSO VAÑES, Carlos (2008). El convento de San Agustín de Burgos. Valladolid: Estudio Agustiniano
- BAUDRILLART, Alfred (1938). Dictionnaire d'histoire et de géographie ecclésiastiques. Vol. 10. París: Letouzey et Ané
- ESTRADA, Basilio (1988). Los agustinos ermitaños en España hasta el siglo XIX. Madrid: Revista Agustiniana
- FLOREZ, Henrique (1874). España Sagrada. Vol. XXIX. Burgos. Madrid: José del Collado
- GONZÁLEZ DÁVILA, Gil (1650). Teatro eclesiastico de las Iglesias metropolitanas y catedrales de los Reynos de las dos Castillas..., vol. 3. En Madrid: Diego Diaz de la Carrera
- HERRERA, Tomás de (1652). Historia del conuento de S. Augustin de Salamanca. Madrid: G. Rodríguez
- JUNTA, Juan de (1554). Hystoria de como fue hallada la ymagen del sancto Crucifixo, que esta en el monesterio de sancto Augustin de Burgos. Burgos: Juan de Junta
- LOVIANO, Pedro (1740). Historia y milagros del SSmo. Cristo de Burgos. Madrid: Alonso de Orozco
- MARTÍNEZ CUESTA, Ángel (1995). Historia de los agustinos recoletos. Vol. 1. Madrid: Ed. Augustinus