Diu la tradició que aquest convent té un origen molt antic, fins i tot es relaciona amb l'època fundacional de la ciutat, però no és fins molt més endavant que es troben notícies més concretes i documentades d'aquest lloc. D'altra banda, Enrique Flórez i fra Pedro de Loviano diuen que és anterior a l'any 1040, quan hom situa una comunitat d'eremites agustinians en una església de San Andrés relacionada amb les figures de sant Domènec de Silos (s. XI) i de sant Julián de Conca (1127-1208).
És en aquesta església on més endavant es veneraria la imatge miraculosa del Crist de Burgos que la tradició diu que ja estava en aquest lloc a l'època de sant Domènec i que havia estat recuperada de manera sobrenatural del mar i portada fins aquí. La devoció a aquella imatge es va estendre gràcies a les seves virtuts donant més relleu al petit monestir de San Andrés. Blanca de Portugal (1259–1321) filla d'Alfons III, fou benefactora d'aquest convent, el 1287 la infanta va fer donació d'uns terrenys per ampliar el convent primitiu, després ingressaria al monestir de Las Huelgas on moriria i fou enterrada el 1321. Els primers frares agustins haurien arribat abans del 1294, data en la qual es va fer una concessió d'aigua per a les necessitats de la casa. L'església es reconstruiria ja ben entrat el segle XV.
El 1534 es va celebrar un capítol provincial en aquest lloc, llavors el seu prior era Tomás de Villanueva que fou elegit Provincial de la circumscripció agustiniana de Castella, després seria arquebisbe de València i, a la seva mort, canonitzat. A començament del segle XX es trobava en decadència i els esdeveniments socials de l'època van agreujar la seva situació, durant la guerra del Francès va resultar pràcticament destruït i l'església es va haver de reconstruir posteriorment, més endavant seria suprimit amb la desamortització i el 1863 el lloc fou adquirit per la Diputació Provincial. El 1982 les ruïnes foren protegides i es va rehabilitar, hi destaquen especialment les restes del claustre.
Antigament venerat al convent de San Agustín de Burgos
Juan B. Palomino
Biblioteca Nacional de España
Crist de Burgos
Ara a la catedral de Burgos
i després bisbe de València
Gravat de V. Ordoni (s XVII)
Rijksmuseum, Amsterdam
El sant rebut per Ferran I de Lleó a les portes de Burgos
Compartiment d'un retaule procedent de Daroca
Bernat Martín i Bartolomé Bermejo (1478-79)
Museu del Prado
- ALONSO VAÑES, Carlos (2008). El convento de San Agustín de Burgos. Valladolid: Estudio Agustiniano
- BAUDRILLART, Alfred (1938). Dictionnaire d'histoire et de géographie ecclésiastiques. Vol. 10. París: Letouzey et Ané
- ESTRADA, Basilio (1988). Los agustinos ermitaños en España hasta el siglo XIX. Madrid: Revista Agustiniana
- FLOREZ, Henrique (1874). España Sagrada. Vol. XXIX. Burgos. Madrid: José del Collado
- GONZÁLEZ DÁVILA, Gil (1650). Teatro eclesiastico de las Iglesias metropolitanas y catedrales de los Reynos de las dos Castillas..., vol. 3. En Madrid: Diego Diaz de la Carrera
- HERRERA, Tomás de (1652). Historia del conuento de S. Augustin de Salamanca. Madrid: G. Rodríguez
- JUNTA, Juan de (1554). Hystoria de como fue hallada la ymagen del sancto Crucifixo, que esta en el monesterio de sancto Augustin de Burgos. Burgos: Juan de Junta
- LOVIANO, Pedro (1740). Historia y milagros del SSmo. Cristo de Burgos. Madrid: Alonso de Orozco
- MARTÍNEZ CUESTA, Ángel (1995). Historia de los agustinos recoletos. Vol. 1. Madrid: Ed. Augustinus
Les restes del convent són al sud del centre antic de la ciutat, a tocar de l'antíga carretera de Madrid. Al costat esquerre de l'Arlanzón