La fundació del monestir de clarisses de Burgos s’hauria fet l’any 1234 a partir d’un beateri reunit a l’ombra de la casa dels franciscans de la mateixa ciutat i que haurien ocupat una església dedicada a Santa Marina (o Santa María), potser des del 1230 i que quedaria integrada dintre del recinte monàstic. Cal dir que tradicionalment es recula la data d'aquell primer establiment fins l'any 1218. En aquesta època van rebre el suport dels benefactors Bernardo i Escaramunda. El 1234 el papa Gregori IX va donar el vistiplau a l’establiment monàstic amb una butlla després de rebre una delegació de les mateixes monges que segons la tradició s’havien traslladat a Roma amb aquesta finalitat i que fins i tot esmenta que van conèixer a santa Clara a Assís. La butlla fundacional esmenta els noms de quatre monges fundadores: María Saenz (o Sánchez), María Mínguez, Juliana i Toda, que la comunitat considera santes.

Poc després començaria la construcció d’un nou complex monàstic pel desenvolupament de la seva activitat, aquestes construccions es van anar aixecant en el decurs dels segles següents, sobretot durant el segon quart del segle XVI, sota el patronatge de Juan de Salamanca. La comunitat de clarisses encara ocupa el monestir.