La fundació del monestir de clarisses de Burgos s'hauria fet l'any 1234 a partir d'un beateri, reunit a l'ombra de la casa dels franciscans de la mateixa ciutat, que hauria ocupat una església dedicada a Santa Marina (o Santa María), potser des del 1230, i que després quedaria integrada dintre del recinte monàstic. Cal dir que tradicionalment es fa recular la data d'aquell primer establiment fins a l'any 1218 (L. Wadding).
El 1234, una butlla del papa Gregori IX va donar el vistiplau a aquest establiment monàstic després de rebre una delegació de les mateixes monges que segons la tradició s’havien traslladat a Roma amb aquesta finalitat, fins i tot s’esmenta que van conèixer a santa Clara a Assís. En aquella butlla hi consten els noms de quatre monges fundadores: María Saenz (o Sánchez), María Mínguez, Juliana i Toda, que la comunitat considera santes. En aquesta època fundacional van rebre el suport dels benefactors Bernardo i Escaramunda, tinguts com els fundadors del monestir. Poc després començaria la construcció d’un nou complex monàstic pel desenvolupament regular de la seva activitat, aquestes construccions es van anar aixecant en el decurs dels segles següents. La comunitat també participaria en la fundació d’altres cases de clarisses, com ara el monestir de la Asunción de Castil de Lences (Burgos, 1282), o el de Santa Clara d’Estella (Navarra).
Gràcies a l'aportació de béns i rendes, el monestir va gaudir d'una època de puixança, però durant els segles XIV i XV va patir un període d'estancament, fins que el 1440 fou reformat pel que fa a l'observança, el que també va comportar una nova època de prosperitat, que va permetre la reconstrucció del monestir entre els anys 1524 i 1545, gràcies al patronatge de Juan de Salamanca. Durant el segle XIX van patir una exclaustració temporal a causa de la guerra del Francès (1808), època en què es van malmetre les construccions, el lloc no va tornar a resultar habitable fins al 1814. A l'època de la desamortització (1836), les monges foren desposseïdes dels seus béns, però l'edifici del monestir es va poder conservar. Durant la guerra Civil van acollir la comunitat d'agustines de la mateixa ciutat. La comunitat de clarisses encara ocupa el monestir.
monja de Santa Clara de Burgos
Il·lustració de Semanario pintoresco español (1847)
- ÁLAMO, M. (1938). Burgos. Dictionnaire d'histoire et géographie ecclésiastiques. Vol. 10. París: Letouzey et Ané
- AMEYUGO, Francisco (1677). Nueva maravilla de la gracia descubierta en la vida de la venerable Madre Sor Iuana de Iesus... Madrid: Antonio González
- ASSAS, Manuel de (1847). Santa Clara de Burgos. Semanario pintoresco español
- CASTRO, Manuel de (1974). Fundación del convento de Santa Clara de Burgos. Boletín de la Real Academia de la Historia. Tomo CLXXI. Madrid: Real Academia de la Historia
- CUADRADO SÁNCHEZ, Marta (1994). Arquitectura de la orden franciscana en Burgos y su provincia. Fundaciones de los siglos XIII y XIV. Burgos en la Plena Edad Media. Burgos: Asociacion Provincial de Libreros de Burgos
- FLOREZ, Henrique (1874). España Sagrada. Vol. XXIX. Burgos. Madrid: José del Collado
- GARCÍA DORAO, María de San José (1964). Los reyes de Castilla y el Convento de Santa Clara de Burgos. Boletín de la Institución Fernán González, núm. 163
- GUTIERREZ, Enrique (1985). El monasterio de Santa Clara. Burgos. DCCL aniversario de la fundación (1234-1984). Burgos
- HERNÁEZ, Domingo; i altres (1722). Primera parte de la Chronica de la provincia de Burgos, de la Regular Observancia de Nuestro Padre San Francisco. Madrid: G. Roxo
- WADDING, Luke (1680). Annales des Frères mineurs, composées en latin par le T.R.P. Luc Vuadinghes. Vol. 1 Contenant depuis l'an 1208 jusques à l'an 1250 / Vol. 2 Contenant depuis l'an 1251 jusques à l'an 1300. Tolosa de Ll.: Colomiez et Posüel
Al centre de Burgos, a la riba esquerra de l'Arlanzón