Segons la tradició, la casa franciscana de Burgos, una de les més antigues de la Península, fou impulsada pel mateix sant Francesc en el seu viatge que el va portar fins Santiago de Compostel·la (1213-14). Francesc hauria pres possessió de la capella de San Miguel, construcció documentada des del 1163, la mateixa tradició indica que Francesc va deixar el lloc a càrrec de fra Lupo, altres membres de la comunitat franciscana haurien arribat cap el 1217-19. Després d’ocupar durant uns anys la capella, els frares van prendre la decisió de traslladar-se a un indret proper, no tant apartat de la ciutat i més protegit i habitable. Burgos era el cap de la província franciscana d’Hispania fins que el 1238 aquesta es va dividir en tres: Castella, Aragó i Santiago i el convent de Burgos quedaria adscrit a la primera d’elles. Abans del 1240 la casa canviaria l’advocació primitiva de sant Miquel per la de sant Francesc, que havia estat canonitzat el 1228.

Es va aixecar el convent en el nou emplaçament, més ampli. En la construcció hi van col·laborar tant els estaments religiosos com els civils, especialment els Trinitaris que van cedir terrenys, i entre els civils cal destacar el suport econòmic de Ramón de Bonifaz, enterrat a l’església nova en un bell sepulcre, ara perdut. Hom situa en l’any 1226 aquell canvi d’ubicació. En època dels Reis Catòlics aquest convent era també la seu de l’arxiu reial, fins que Felip II el va traslladar a Simancas. El 1517 es va tornar a dividir la província de Castella, ara en cinc territoris un d’ells era la província de Burgos. El convent va patir l’ocupació de les tropes franceses el 1809, la comunitat franciscana es va veure obligada a abandonar-lo fins el 1814 quan va haver de reconstruir l’església a causa de la seva pràctica destrucció a canonades. Va patir una segona exclaustració temporal l’any 1820 i la definitiva el 1835, amb la Desamortització de Mendizábal. El 1844 el convent es va adaptar com a caserna i amb el pas dels anys es va anar modificant i enderrocant, ara només es conserven alguns murs. Un cop clausurada la caserna, bona part dels seus terrenys l’ocupen edificis d’habitatges.