Aquest monestir femení té el seu origen en un primitiu beateri fundat el 1387 per Dorotea Rodríguez de Valderrama, inicialment estava situat en un altre indret de la ciutat, prop de l'església de Santa María la Blanca. La casa està consagrada a santa Dorotea en honor de la fundadora, fra Gregorio Argaiz esmentava la possibilitat que l'advocació estigués dedicada a santa Dorotea màrtir de Burgos, en lloc de la més coneguda, màrtir a Capadòcia. Cap al 1425, en època del bisbe Pablo de Santa María, aquell establiment va adoptar formalment la regla de Sant Agustí, convertint-se en canongesses regulars.
Rebé protecció de Joan II de Castella que va beneficiar el monestir amb drets sobre l'església de Santa María la Blanca i altres donacions. També reberen protecció del bisbe Alfonso de Cartagena, fill i successor de Pablo de Santa María. Les canongesses de Santa Dorotea van participar activament en la fundació del monestir de San Ildefonso a la mateixa ciutat de Burgos, formalitzada el 1456. El 1459 les monges van obtenir llicència del bisbe Luis de Acuña per traslladar-se a l'altre costat del riu, prop de San Andrés, cosa que es va poder fer efectiva el 1470 després de la construcció del nou establiment on encara mantenen el monestir. Per aquesta operació les monges van rebre ajuda de Juan de Ortega que després seria bisbe d'Almería, aquest va morir el 1515 i fou enterrat a l'església on es conserva el seu sepulcre, obra de Nicolás de Vergara, del 1516. Al costat d'aquesta sepultura es va disposar el sepulcre del seu nebot Alonso de Ortega, mort el 1501.
Portal de l'església (segle XV)
Pablo de Santa María, bisbe de Burgos (1415-1435)
Gravat de Manuel Salvador Carmona (1804?)
Biblioteca Nacional de España
Sepulcre d'Alonso de Ortega
Sepulcre d'Alonso de Ortega
Sepulcre d'Alonso de Ortega
Sepulcre de Juan de Ortega
Sepulcre de Juan de Ortega
Alfonso de Cartagena, bisbe de Burgos (1435-1456)
Gravat de Manuel Salvador Carmona (1791)
Biblioteca Nacional de España
- ÁLAMO, M. (1938). Burgos. Dictionnaire d'histoire et géographie ecclésiastiques. Vol. 10. París: Letouzey et Ané
- ARGAIZ, Gregorio de (1667). Población eclesiástica de España y noticia de sus primeras honras. Madrid: Melchor Sánchez
- BUITRAGO, Antonio (1876). Guia general de Búrgos. Madrid: Aribau
- FLOREZ, Henrique (1824). España Sagrada. Tomo XXVII. Madrid: José del Collado
- LÓPEZ, Teófilo (1965). Convento de Santa Dorotea. Boletín de la Institución Fernán González. Burgos: Institución Fernán González
- SAINZ SAIZ, Javier (1996). Monasterios y conventos de la província de Burgos. Lleó: Ed. Lancia
El monestir de Santa Dorotea és a l'esquerre de l'Arlanzón, prop de San Agustín