Castil de Lences té el seu origen en una fortificació aixecada en aquest lloc quan es va recuperar el territori als sarraïns. Posteriorment figura esmentat en diverses operacions, particularment en donacions efectuades a favor de les grans institucions monàstiques del moment.

L’any 1282 la vídua Sancha de Rojas va impulsar la fundació en aquest lloc d’un monestir de clarisses en el solar del castell que havia donat nom a la població. Per aquesta fundació es van fer venir quatre monges del convent de Santa Clara de Burgos que van començar la vida monàstica. L’església tenia també funcions parroquials i la comunitat aquí reunida estava assistida pels franciscans de San Bernardino de Poza de la Sal.