El monestir de San Salvador de Oña fou fundat l’any 1011 per Sanç García (comte de Castella entre els anys 995 i 1017) i la seva esposa, Urraca. D’una manera anàloga al que havia fet el seu pare, Garcia I, instituint l’infantat de Covarrubias amb un poderós conjunt patrimonial, els comtes Sanç i Urraca van fundar aquest monestir, al davant del qual hi van posar la seva filla Tigridia (?-d 1022).
El senyoriu monàstic de San Salvador estava format per un conjunt de 112 vil·les, llocs, esglésies, cel·les i monestirs (com el de San Juan de la Hoz, o Cillaperlata, Burgos), tots relacionats en el document fundacional. Una altra de les finalitats de la fundació fou la de tenir un digne lloc d’enterrament. Tigridia va entrar a formar part de la comunitat i fou la seva abadessa, la casa estava habitada per monges i monjos, segurament procedents de San Juan de la Hoz, San Salvador de Loberuela (prop d’Oña, que va quedar com a simple priorat del nou monestir) i San Pedro de Tejada (Puente-Arenas, Burgos). El fundador moriria l’any 1017 i seria enterrat al monestir.
Es coneixen abats i abadesses d'aquesta casa, que tenia dues comunitats separades, però que se servien de la mateixa església, a més, els monjos tindrien cura de l'assistència religiosa de la comunitat femenina i també d'alguns dels seus afers. Entre la data de la mort de Tigridia (després de l'any 1022, data en què encara és al davant del monestir) i el 1035, quan hi ha constància d'un únic abat masculí, la casa fou reformada i va desaparèixer la comunitat femenina, segurament coincidint amb la data d'arribada de l'abat Paterno (1033), procedent de Sant Joan de la Penya (Osca), format a Cluny i que va introduir els costums benedictins d'aquella casa, al davant de la qual hi va posar García. A la mort d'aquest darrer, el càrrec d'abat fou per Íñigo (1035-1068), també procedent de Sant Joan de la Penya, tingut com a sant (Énnec d'Oña), enterrat i venerat en el monestir.
L'abat Énnec (Íñigo) d'Oña
Detall de Gozos de San Íñigo, ó Enecon (1883)
Íñigo va aconseguir que San Salvador atenyés una gran expansió, tant en l’àmbit espiritual com cultural i també li va donar una gran estabilitat econòmica. Aquest monestir tenia una llarga sèrie de propietats de tota mena i particularment altres monestirs, que depenien d’aquest. En canvi, Oña només tenia dependència directa de Roma, el que fou motiu de litigis amb la seu episcopal de Burgos, fins que, finalment, el 1218 va passar a dependre del bisbat. El prestigi i prosperitat del monestir va anar creixent, al segle XII arribava a l’època de màxima esplendor, especialment sota el regnat d’Alfons VII l’Emperador que el va beneficiar i protegir. El 1367 el monestir fou saquejat arran de la Primera Guerra Civil Castellana i a causa d’això, es va emmurallar.
Oña era seguidor de la regla benedictina segons els costums de Cluny, tot i que gaudia d'una certa independència de la casa borgonyona, aquest estat de coses es va mantenir fins que la intervenció de San Benito de Valladolid va aconseguir que el 1455 fora unit a la seva congregació, tot i l'oposició de la comunitat, que va conservar una certa independència fins al 1506, quan es va integrar plenament en aquella. El 1599 fou víctima de la pesta, que el va afectar profundament. En els segles següents encara va gaudir de vitalitat, cosa que li va permetre emprendre importants obres de construcció entre els segles XVI-XVIII. La guerra del Francès va afectar el monestir, que fou saquejat per les tropes franceses, poc després, la desamortització el va clausurar. A causa d'aquest fet, es va quedar sense comunitat i els béns es van subhastar. Els edificis monàstics es van dividir en dues parts, per una banda, l'església, claustre i sala capitular que van passar a ser utilitzats com a parròquia, mentre que la resta de les construccions va passar a mans particulars fins que foren adquirides pels jesuïtes, els quals les van vendre el 1968 a la Diputació, que l'ha utilitzat com a centre assistencial.
L'església inicial es va modificar en diverses ocasions en el decurs dels anys, el gruix de l'obra que es conserva pot situar-se cap al segle XV. També va aplegar el panteó comtal i reial, entre els personatges que foren enterrats en aquest lloc cal esmentar Sanç García (?-1017) i la seva esposa Urraca, els fundadors. El comte Garcia II de Castella (1009-1028). El rei Sanç II de Castella (1038?-1072). I el rei Sanç III el Gran (990?-1035) i la seva esposa Múnia (995-d1066), entre altres. Entre els anys 1503 i 1509, Simón de Colonia va encarregar-se de refer el claustre (fins aquell moment, romànic) al que s'hi va afegir un segon pis el segle XVII, alhora que s'ampliava el monestir amb noves construccions, entre les quals la façana barroca. La sala capitular conserva elements d'època romànica, tot i que la seva estructura és posterior, a cavall dels segles XIII i XIV.
- ANDRÉS ORDAX, Salvador; i altres (2003). Monasterios de Castilla y León. Lleó: Edilesa
- ARGAIZ, Gregorio de (1675). La soledad laureada por San Benito y sus hijos en las Iglesias de España. Vol. 6. Provincia de Asturias y Cantabria. Madrid: Zafra
- BARREDA, Iñigo de (1917). Oña y su real monasterio. Madrid: Del Amo
- BAZTAN, Javier (1923). El monasterio de San Salvador de Oña y la tumba de don Sancho el Mayor, rey de Navarra. Boletín de la Comisión de Monumentos Históricos y Artísticos de Navarra. Núm. 54
- BONAUDO, Marta (2022). El Monasterio de San Salvador de Oña. Economía agraria, sociedad rural (1011-1399). Cuadernos de historia, 51-52
- CAMBERO, Inés (2019). Estudio e interpretación arquitectónica: el monasterio de San Salvador de Oña. Universidad de Valladolid
- F.A.M.P. (2004). Oña, guía turística. Burgos: Santos
- FITA, Fidel (1895). Canonización del abad San Iñigo. Bulario antiguo e inédito del Monasterio de Oña. Boletín de la Real Academia de la Historia, vol. 27
- FLOREZ, Henrique (1824). España Sagrada. Tomo XXVII. Madrid: José del Collado
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel (dir.) (2002). Enciclopedia del románico en Castilla y León. Burgos. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- LINAGE CONDE, Antonio (1973). Los orígenes del monacato benedictino en la Península Ibérica, vol. II. León: C. E. San Isidoro
- MARTÍN, José Enrique; coord. (2012). Monacatus. Las edades del hombre. Oña. Fundación Las edades del hombre
- MARTÍNEZ DÍEZ, Gonzalo (2012). Oña, un monasterio milenario: sus orígenes. Boletín de la Institución Fernán González núm. 244
- PÉREZ VILLAAMIL, Genaro (1844). España artística y monumental. Vistas y monumentos de España. Vol. 2. París: A. Hauser
- ROJO, Eduardo (2006). Monjes de Vasconia en el monasterio benedictino de Oña (Burgos) entre los siglos XVI y XIX. Sancho el sabio, núm. 25
- SENRA, José Luis (1995). L'influence clunisienne sur la sculpture castillane du milieu du XIIe siècle, San Salvador de Oña et San Pedro de Cardeña. Bulletin Monumental, vol. 153
- YEPES, Antonio de (reed. 1960). Crónica General de la Orden de San Benito. Madrid: Atlas
- ZABALZA, Manuel (1983). Hallazgo del documento original de la fundación del Monasterio de Oña. El pasado histórico de Castilla y León
- ZABALZA, Manuel (1995). Las últimas versiones aparecidas sobre la fundación del monasterio de Oña, su toponimia. Boletín de la Institución Fernán González, núm. 210