Al lloc de la Morcuera, just al límit entre La Rioja i Castella i Lleó, existia un eremitori format al voltant de la capella de San Miguel, on s'aplegava un grup d'anacoretes. En aquest lloc, o molt a prop d'aquí, havia existit el precedent d'un monestir conegut com a San Pelayo de la Hoz, que el 1049 fou unit a San Millán (la Rioja).
El 1398 el bisbe de Calahorra, Juan de Guzmán, va visitar el lloc i va acordar amb els ermitans la seva regulació com a monestir, segons el que establia l’orde de sant Jeroni, l’any següent aquesta fundació fou acceptada pel bisbe de Burgos, que curiosament alternava l’exercici de la jurisdicció sobre aquest territori amb la seu de Calahorra. El 1404 el nou establiment va rebre el vistiplau del papa Benet XIII, posant-lo sota la seva protecció, el 1406 el mateix papa va confirmar la fundació i les propietats. La fundació va estar acompanyada de diverses donacions i Pedro López de Ayala va participar activament en la construcció del nou establiment monàstic.
Entre els béns rebuts cal esmentar la capella de Nuestra Señora de la Estrella (San Asensio, la Rioja) on més endavant es fundaria un nou establiment dels jerònims. Durant uns anys (entre el 1419 i 1426) San Miguel del Monte va passar a dependre de la Estrella, del que va ser un simple priorat. El 1426 es va aconseguir una segona fundació de San Miguel, establint de nou una comunitat independent. Fou abandonat pels monjos amb la desamortització, el que va provocar el seu deteriorament i pèrdua de mobiliari, abans havia patit els efectes de la guerra del Francès. Actualment, és propietat de la Diputació i s'ha adaptat com a residència d'ancians.
- CADIÑANOS, Inocencio (1999). Monasterios mirandeses: Herrera y San Miguel del Monte. Miranda de Ebro: Virumbrales
- MATEOS, Isabel; i altres (1999). El arte de la orden jerónima. Historia y mezenazgo. Iberdrola
- REVUELTA, Josemaría (1982). Los jerónimos. Guadalajara: I. P. C. Marqués de Santillana
- RUIZ DE LOIZAGA, Saturnino (1994). Documentos Vaticanos referentes a Miranda de Ebro y sus alrededores. Estudios Mirandeses, núm. 14
- SAINZ SAIZ, Javier (1996). Monasterios y conventos de la província de Burgos. Lleó: Ed. Lancia
- SIGÜENZA, José de (1907). Historia de la orden de San Jerónimo. Tomo 1. Madrid: Bailly Baillière
- VÉLEZ, José Javier (1999). Patronos y arquitectos en el Monasterio Jerónimo de San Miguel del Monte o de La Morcuera (Miranda de Ebro). La Orden de San Jerónimo y sus monasterios, vol. 2. R.C.U. Escorial