Fundado por iniciativa de Teresa Pérez, ésta y su esposo, García Pérez, habían recibido de Alfonso VII en agradecimiento por sus servicios, varias posesiones entre ellas las tierras de Gradefes. El señor murió en 1166 y fue ella quien se encargó de la fundación de este monasterio y de proveerlo de los bienes necesarios para su subsistencia.

En 1168 pudo hacer efectiva la fundación del monasterio que había empezado a construir dos años antes. Para formar la comunidad hizo venir monjas del monasterio de Tulebras (Navarra) y ella misma profesó como monja y fue su primera abadesa. Parece que Teresa Pérez también participó en la fundación o refundación de otro monasterio cisterciense, el de Santa Colomba (Zamora), con monjas de Gradefes (1181).

Gracias a la influencia de la abadesa sobre la casa real, los monarcas favorecieron el monasterio de Gradefes con rentas y privilegios. Con la fundación del monasterio de las Huelgas (Burgos), en 1197 el monasterio de Gradefes fue puesto bajo su dirección. El 1240, Gradefes participó en la fundación de una nueva casa en León, el monasterio de Otero de las Dueñas (León), lo que da fe de una cierta vitalidad.