Colegiata de San Isidoro de León

En la reconstrucción del monasterio de San Pelayo y San Juan, también se instauró un panteón real siguiendo el ejemplo de San Salvador de Palat del Rey. El establecimiento quedó ocupado de nuevo por dos comunidades, una de monjas y la segunda, masculina, formada por clérigos seculares. Las monjas eran miembros de la nobleza, aquí profesó una hermana de Alfonso V, Teresa Bermúdez († 1039), que más tarde se trasladaría a Oviedo, donde murió. También Sancha de León (1013-1065), hija de Alfonso V y esposa de Fernando I de León (c 1016-1065), quien intervino en la reconstrucción del monasterio, reconstruyendo totalmente la iglesia y panteón real.

Mientras, se estaba reorganizando la canónica de la catedral de León, una parte de aquella comunidad era partidaria de la creación de una canónica regular y, por ello, en 1144, la diócesis les facilitó unos terrenos en Carbajal, donde se fundó una comunidad seguidora de la regla de San Agustín. En 1148, bajo el reinado de Alfonso VII (1105-1157), se formalizó una permuta entre la comunidad de monjas benedictinas del monasterio de San Isidoro y la canónica de Carbajal, según la cual, las monjas se desplazaron a Carbajal, mientras que los canónigos se trasladaron a San Isidoro, que pasó a depender directamente de la Santa Sede.

Es muy notable la decoración mural del Panteón Real, un recinto de planta cuadrada, con dos columnas en el centro, que soportan las bóvedas, enteramente decoradas con pinturas murales, seguramente de la época de Urraca (s. XI) de temática muy variad, que se conservan en buena parte, a pesar del paso del tiempo y las intervenciones que se realizaron. A pesar de las pérdidas, el tesoro aún conserva un importante conjunto de piezas medievales: Cáliz de Doña Urraca, arqueta con placas de marfil, arqueta con esmaltes... Tiene, además, una notable biblioteca, con una biblia mozárabe, procedente del monasterio de Valeránica (Burgos).