Cap al 966, Sanç I el Cras (c 933-966) va fer aixecar a la ciutat de Lleó una església dedicada al màrtir cordovès sant Pelagi, les relíquies del qual havia aconseguit gràcies als contactes que havia mantingut amb Abd al-Rahman III. Més endavant, un cop mort aquell monarca, la seva germana i regent, Elvira Ramírez (c 934-c 986), que era monja del monestir de San Salvador de Palat del Rey (Lleó), va fer venir les religioses d’aquella comunitat a la nova fundació, coneguda com San Pelayo y San Juan.
En el mateix complex, també hi havia una comunitat de canonges que atenia les necessitats espirituals de les monges. L’any 988, Lleó fou atacat per Almansor el que va motivar que les monges fugissin a Oviedo, al monestir de San Juan, que seria conegut a partir de llavors com San Pelayo. Aquell monestir tindria continuïtat a Oviedo, on encara manté la seva activitat. Un cop recuperada la situació a la ciutat, a començament del segle XI, en època d’Alfons V de Lleó (c 995-1028), es va restaurar el monestir benedictí femení de Lleó, a San Pelayo y San Juan (després San Isidoro). Les dues cases benedictines, la de Lleó i la d’Oviedo van mantenir relacions properes, però van tenir recorreguts independents.
En la reconstrucció del monestir de San Pelayo y San Juan, també s’hi va instaurar un panteó reial seguint l’exemple de San Salvador de Palat del Rey. L’establiment va quedar ocupat un altre cop per dues comunitats, una de monges i la segona, masculina, formada per clergues seculars. Les monges eren membres de la noblesa, aquí hi va professar una germana d’Alfons V, Teresa Bermúdez († 1039), que més tard es traslladaria a Oviedo, on va morir. També Sança de Lleó (1013-1065), filla d’Alfons V i esposa de Ferran I de Lleó (c 1016-1065), qui va intervenir en la reconstrucció del monestir, refent totalment l’església i panteó reial.
Ferran I també hi va intervenir, portant de Sevilla el cos de sant Isidor, la translació de les relíquies i la consagració de l’església es van fer el 1063. A causa d’aquest fet, es va canviar la titularitat del monestir per la de San Isidoro, nom amb el qual és conegut actualment. Una filla de Ferran I i Sança, Urraca (c 1033-c 1101), va ampliar i enriquir el monestir, que també continuava sent la seu de l’Infantat de Lleó. El 1149 es va consagrar el nou temple que, bàsicament, és l’església actual, sobre la que encara es van fer afegits i modificacions. El monestir de Ruiforco (Lleó), que formava part de l'Infantat, va passar a dependre d'aquest lloc.
Mentrestant, s’estava reorganitzant la canònica de la catedral de Lleó, una part d’aquella comunitat era partidària de la creació d’una canònica regular i, per això, el 1144, la diòcesi els va facilitar uns terrenys a Carbajal, on es va fundar una comunitat seguidora de la regla de Sant Agustí. El 1148, sota el regnat d’Alfons VII (1105-1157), es va formalitzar una permuta entre la comunitat de monges benedictines del monestir de San Isidoro i la canònica de Carbajal, segons la qual, les monges es van desplaçar a Carbajal, mentre que els canonges es van traslladar a San Isidoro, que va passar a dependre directament de la Santa Seu.
Va patir molt directament els efectes de la Guerra del Francès, quan l’exèrcit ocupant va estar-se al monestir entre els anys 1808 i 1813 i el lloc fou saquejat i espoliat. Els canonges hi van tornar el 1814, però els incidents adversos no van acabar amb això, i novament va patir altres espoliacions durant el segle XIX. El 1956, la canònica es va secularitzar, quan estava en plena decadència. Malgrat tot això, el lloc encara conserva un important patrimoni artístic tant pel que fa a l’arquitectura dels edificis com el mobiliari que es conserva.
És molt notable la decoració mural del Panteó Reial, un recinte de planta quadrada, amb dues columnes al centre, que suporten les voltes, enterament decorades amb pintures murals, segurament de l’època d’Urraca (s. XI) de temàtica molt variada, que es conserven en bona part, malgrat el pas del temps i les intervencions que s’hi van fer. Malgrat les pèrdues, el tresor encara conserva un important conjunt de peces medievals: Calze de Doña Urraca, arqueta amb plaques de vori, arqueta amb esmalts... Té, a més, una notable biblioteca, amb una bíblia mossàrab, procedent del monestir de Valeránica (Burgos).
Bíblia mossàrab copiada al monestir de Valeránica (Burgos) (960)
Bíblia mossàrab copiada al monestir de Valeránica (Burgos) (960)
- BOTO VARELA, Gerardo (2010). Las dueñas de la memoria. San Isidoro de León y sus Infantas. Románico: Revista de arte de amigos del románico, núm. 10
- BOTO VARELA, Gerardo (2015). Panteones regios leoneses (924-1109). Concatenaciones dinásticas y discontinuidades topográficas. Anuario de Estudios Medievales, núm. 45(2)
- CAVERO, Gregoria (2014). El monasterio medieval, sede de solar nobiliario y refugio de mujeres de la aristocracia. Monasterios y nobles la España del románico: entre la devoción y la estrategia. Aguilar de Campoo
- COLOMBÁS, García M. (1982). San Pelayo de León y Santa María de Carbajal. Biografía de una comunidad femenina. León: Monasterio de Carbajal
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel; dir. (2002). Enciclopedia del Románico en Castilla y León. León. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- GARCÍA MARTÍNEZ, Aida (2004). El Panteón de San Isidoro de León: estado de la cuestión y crítica historiográfica. Anuario del Departamento de Historia y Teoría del Arte, núm. 16
- GARCÍA MARTÍNEZ, Aida (2005). Aproximación crítica a la historiografía de San Isidoro de León. Estudios humanísticos. Historia, núm. 4
- HERRÁEZ, María Victoria; i Altres (1013). La escultura de San Isidoro de León y su relación con otros talleres del Camino. De arte: revista de historia del arte, núm. 12
- MORÁIS MORÁN, José Alberto (2014). El ornato esculpido en el templo de Fernando I (San Juan Bautista/San Isidoro de León). De arte: revista de historia del arte, núm. 13
- PÉREZ LLAMAZARES, Julio (1927). Historia de la Real Colegiata de San Isidoro de León. Lleó: Imp. Moderna
- QUADRADO, José María (1855). Recuerdos y bellezas de España. Asturias y León. Madrid: Repullés
- ROBLES, Constantino; i altres (2008). Real Colegiata de San Isidoro. Lleó: Edilesa, 2008
- SUÁREZ GONZÁLEZ, Ana (1992). Aproximación a la comunidad de San Isidoro de León entre 1156 y 1248 (estudio cuantitativo y cualitativo). Estudios humanísticos. Geografía, historia y arte, núm. 14
- UTRERO, María de los Ángeles (2014). San Isidoro de León. Construcción y reconstrucción de una basílica románica. Arqueología de la arquitectura, núm. 11
- VIÑAYO, Antonio (1972). Léon Roman. La nuit des temps. Zodiaque
- VIÑAYO, Antonio (1993). San Isidoro de León, pintura románica del Panteón de Reyes. Lleó: Edilesa