En aquest indret del camí de Sant Jaume, hi havia un pont sobre el riu Bernesga que estava sota la custòdia del bisbat de Lleó. El 1152, Sancha Raimúndez (c 1095-1159) germana d’Alfons VII, va lliurar el pont i uns terrenys propers a l’ardiaca Arias amb la condició que hi bastís una església, un hospital i cases pels cuidadors del pont.
El bisbe va crear l’hospital de San Marcos, que va quedar a càrrec de Suero Rodríguez, i el 1171 el va dotar amb diversos béns, el 1172, Suero Rodríguez hi va fundar una institució que també va dotar i dedicar a sant Marc. La vida d’aquest organisme fou efímera, entre els anys 1175 i 1179, l’orde de San Marcos que s’havia creat per estar a càrrec de l’hospital, amb caràcter militar i religiós, es va integrar al de Sant Jaume de l’Espasa, cedint-li l’església i convent. Suero va continuar a càrrec del lloc, ja sota el règim dels cavallers de Santiago.
Aquest priorat de Lleó va rivalitzar amb el priorat de Santiago d’Uclés (Conca) com a cases principals de l’orde, tenint en compte que la San Marcos pertanyia a Lleó, mentre Uclés a Castella, regnes que no es van unificar fins al 1230. A començament del segle XVI el convent medieval estava en perill de ruïna i van començar les obres per a la seva reconstrucció, el 1541 es va consagrar la nova església, encara inacabada. Entre els anys 1566 i 1602 el convent va quedar deshabitat a causa de les obres.
Entre els segles XVI a XVIII es va refer gairebé totalment, bastint el gran edifici que amb algunes modificacions encara es conserva. El 1836 fou abandonat pels cavallers a causa de la desamortització i el 1844 va esdevenir definitivament propietat estatal, seguidament fou declarat monument artístic, el que va incidir favorablement en la seva conservació. Ha mantingut moltes funcions, entre altres, casa de missioners del bisbat, escola, museu arqueològic, hospital, caserna i des del 1963, hotel.
- AYALA, Carlos (2007). Las órdenes militares hispánicas en la Edad Media. Madrid: Marcial Pons
- CALZADO, María del Pilar (2013). San Marcos de León. Historia del fondo documental, fábrica e institución del Archivo de la Orden de Santiago en el Priorato de León (1170-1872). Medievalismo, núm. 23
- CAMPOS, María Dolores (1997). El antiguo convento de San Marcos de León. León: Junta de Castilla y León
- CAMPOS, María Dolores (1998). El convento de San Marcos de León después de la desamortización. Tierras de León, núm. 105
- FERNÁNDEZ CATÓN, José María (1981). Documentación del priorato de San Marcos de León, de la Orden de Santiago, en el Archivo Histórico Diocesano de León. Anuario de Estudios Medievales, vol. 11
- MARTÍN, José Luis (1964). Fernando II de León y la Orden de Santiago (1170-1181). Anuario de Estudios Medievales, vol. 1
- RISCO, Manuel (1792). Iglesia de León, y monasterios antiguos y modernos de la misma ciudad. Madrid: B. Roman