Este monasterio es uno de los más notables de los muchos que se encuentran en la comarca, conocidos en su conjunto como Tebaida Berciana. Tiene su origen en el siglo VII, cuando san Fructuoso de Braga (¿-665) dejó el monasterio de Compludo (León) para practicar el eremitismo en un oratorio que dedicó a san Pedro, situado en el lugar conocido como castro Ruphianense .
Debido a la llegada de seguidores, se fundó un cenobio (c 640), el que se conocería como San Pedro de Montes, después Fructuoso abandonaría este lugar, fundó otros monasterios y finalmente fue nombrado obispo de Braga, donde murió. Hacia el 672, una vez Fructuoso ya había abandonado el lugar, llegó otro personaje: Valerio del Bierzo (¿-695), en su época, San Pedro de Montes debió estar formado por un grupo de monjes que llevarían una vida ascética en ermitorios, y una iglesia. Después de Valerio hay una época sin noticias del lugar, seguramente quedó prácticamente abandonado debido a la falta de seguridad por la invasión islámica.
Hacia 896, llegó a este lugar un tercer personaje: san Genadio de Astorga (-c 935), posiblemente atraído por la fama del lugar y de sus antiguos ocupantes. Genadio fue el restaurador de la vida monástica de San Pedro de Montes, reedificando la iglesia y adaptando los espacios abandonados a las nuevas necesidades. La comunidad restaurada empezó a recibir donaciones (en 892, del obispo de Astorga), entre ellas la propia iglesia de San Pedro, propiedad del obispado. La popularidad e importancia del lugar fue creciendo e incluso Genadio fue elegido obispo de Astorga (909-919).
Fue Genadio quien, en 919, consagró la iglesia del monasterio, momento en que le hizo una generosa dotación. Se conserva una inscripción conmemorativa de aquel evento, elaborada unos años más tarde, a mediados del siglo X. A partir de ese momento, la vida del monasterio sigue su ascensión, en todos los sentidos, hasta convertirse en una gran abadía. En 1081, se introduce el régimen cluniacense, todo apunta a que hasta ese momento todavía se regía por alguna regla de época visigótica, algo habitual en algunos cenobios de la comarca. Esto provocó la oposición de parte de la comunidad y su práctica escisión, con la coexistencia de dos abades, situación que se prolongó hasta 1099.
A mediados del siglo XIII se construyó una nueva iglesia monástica, básicamente la que todavía se conserva. A principios del siglo XIV, el lugar pasaba por un período de decadencia y perdió buena parte de sus bienes. En 1506 entró a formar parte de la Congregación de Valladolid, no sin oposición, lo que ayudó a mantenerse como abadía a pesar de su precaria situación. Ya en el siglo XVIII el monasterio volvió a pasar por una época de bonanza, lo que le permitió emprender obras de mejora, especialmente la construcción de las dependencias situadas a levante de la iglesia.
En el siglo XIX, la Guerra de la Independencia, la desamortización y un incendio en 1842, dejaron el lugar sin comunidad y en mal estado, prácticamente sólo se salvó la iglesia. Ahora es una iglesia parroquial rodeada de las ruinas del monasterio que han sufrido un serio abandono durante prácticamente todo el siglo XX, aunque en los últimos años se han llevado a cabo importantes obras de estudio y restauración. De época medieval, se conserva la iglesia románica de tres naves con sus correspondientes ábsides, cuya fachada es del siglo XVIII. La cabecera tiene adosado un cuerpo con otras dependencias, ahora rehabilitadas.
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