Este monasterio es uno de los más importantes de los muchos que se encuentran en la comarca, conocidos en su conjunto como Tebaida Berciana. Fue erigido en el siglo VII por San Fructuoso de Braga cuando éste dejó la comunidad de Compludo para practicar el eremitismo en un oratorio que dedicó a San Pedro, situado en el lugar conocido como castro Rupianense. Debido a la llegada de muchos seguidores se fundó un cenobio (640?), que se conocería como San Pedro de Montes. En el mismo siglo VII, una vez Fructuoso ya había abandonado el lugar, llegó otro personaje: Valerio del Bierzo, en su época San Pedro de Montes debería estar formado por un conjunto de monjes que llevarían una vida ascética en ermitorios, y una iglesia. Después de Valerio hay una época sin noticias del lugar, seguramente debido a la falta de seguridad por la invasión islámica, que acabaría con su abandono.

Hacia 890, llegó a este lugar un tercer personaje: San Genadio de Astorga, posiblemente atraído por el renombre del lugar y de sus antiguos ocupantes. Genadio es el restaurador de la vida monástica de San Pedro de Montes, reedificando la iglesia y adaptando los espacios abandonados a las nuevas necesidades. La comunidad restaurada comenzó a recibir donaciones (el 892, del obispo de Astorga), entre ellas la propia iglesia de San Pedro, propiedad del obispado. La popularidad e importancia del lugar fue creciendo e incluso Genadio fue elegido obispo de Astorga (909-919). Es él quien consagró la iglesia del monasterio, el 919, momento en que le hizo una rica dotación.

A partir de este momento la vida del monasterio sigue su ascensión, en todos los sentidos, hasta convertirse en una gran abadía. En 1081 se introduce el régimen cluniacense en San Pedro, todo hace pensar que hasta ese momento todavía se regía por alguna regla de época visigótica (algo habitual en algunos cenobios de la comarca). Esto provocó la oposición de parte de la comunidad y su práctica escisión, con la coexistencia de dos abades, situación que se prolongó hasta el 1099.

A mediados del siglo XIII se construyó una nueva iglesia monástica, básicamente el actual. A principios del siglo XIV el lugar pasaba por un período de decadencia y perdió buena parte de sus bienes. En 1506 entró a formar parte de la Congregación de Valladolid, no sin oposición, lo que ayudó a mantenerse como abadía a pesar de su precaria situación. Ya en el siglo XVIII el monasterio volvió a pasar por una época de bonanza, lo que le permitió emprender obras de mejora en el monasterio.

En el siglo XIX, la Guerra de la independencia, la desamortización y un incendio en 1842, dejaron el lugar sin comunidad y en mal estado. Ahora es una iglesia parroquial rodeada de las ruinas del monasterio y se han llevado a cabo importantes obras de excavación y restauración.