Esta casa tiene su origen en la figura de san Frutos, tradicionalmente se considera que se retiró para la práctica del eremitismo en un lugar muy cercano que se identifica con la cueva de Siete Altares, junto al Duratón, río arriba. Las características de este sitio lo hacían propicio para la actividad eremítica y, además de Frutos y sus hermanos, seguramente había otros eremitas que lo poblaban.
Posiblemente, durante la época de ocupación sarracena el lugar debió de quedar abandonado y no se recuperó el culto hasta la consolidación cristiana en el territorio, también es factible que ese lugar inhóspito quedara ocupado por mozárabes. La primera noticia directa de este lugar es del año 1076, cuando Alfonso VI lo dio al monasterio de Santo Domingo de Silos, que estableció un priorato. Una inscripción sitúa la consagración de la iglesia levantada por los benedictinos, en el año 1100. En 1126, Alfonso VII otorgó licencia para que el priorato pudiera poblar el lugar. San Frutos se benefició de la relación con Silos, cuando esa abadía quedó bajo la protección de los papas, el priorato también gozó del mismo privilegio.
En 1231 los franciscanos se establecieron en el convento de Nuestra Señora de la Hoz, un lugar muy cercano que se encontraba dentro de las posesiones de San Frutos, lo que produjo algunas desavenencias entre benedictinos y frailes menores. En el siglo XV se encontraba en estado de decadencia, situación que se mantuvo en el tiempo hasta la desamortización, cuando perdió su relación con el mundo monástico. La iglesia se convirtió en parroquia y el resto de dependencias cayeron en ruina. Durante la primera mitad del siglo XX el lugar empezó a recibir protección por parte de la administración y más adelante fue restaurado.
San Frutos
Este eremita habría nacido en Segovia en el año 642 en el seno de una familia acomodada, muy joven se retiró con sus hermanos, Valentín y Engracia para practicar el eremitismo en unas cuevas en la orilla del Duratón. En ese lugar les sorprendió la ocupación islámica, y en este contexto, se atribuyen a Frutos algunos milagros. Murió hacia 715 y fue enterrado por sus hermanos en la cueva donde había vivido, conocida como Siete Altares. Valentín y Engracia dejaron estas tierras y, finalmente, murieron martirizados.
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