En 1549 empezaron las gestiones para fundar un convento dominicano en la ciudad y no fue hasta 1556 cuando llegó la primera comunidad, pero debido a los problemas económicos surgidos mientras se llevaban adelante las obras se acordó que en lugar de levantar una iglesia conventual de nueva planta, ceder a los dominicos la antigua parroquia de Santo Tomé, en 1563 una bula papal lo autorizó.
Aquella iglesia de Santo Tomé se había levantado desde la recuperación definitiva de la ciudad por Alfonso I el Batallador (c1119). Hay una importante falta de documentación que no permite establecer con seguridad la historia del edificio, se supone que existiría una primera iglesia que durante el reinado de Alfonso VIII (1158-1214) se reconstruyó y que aquella obra terminó ya en el siglo XIII. Santo Tomé se menciona por primera vez y de forma indirecta en 1148. A partir de 1580 los dominicos tomaron posesión de la nueva casa e iglesia, que pasó a tener una doble función, la conventual y la parroquial, a la vez que se cambió la antigua advocación de Santo Tomé por la de Santo Domingo.
También se llevaron a cabo importantes modificaciones en la estructura del templo, aparte de edificar las dependencias conventuales que inicialmente estaban separadas físicamente de la iglesia y que en 1586 se comunicarían directamente. Aquel establecimiento tuvo actividad hasta la exclaustración, fecha en la que fue abandonado por la comunidad dominicana. Después de que el convento se convirtiera en cuartel, en 1853 llegó una comunidad de clarisas, que todavía mantienen el monasterio de Santa Clara en este lugar. En 1894 perdió la condición de parroquia, utilizándose únicamente por el monasterio de clarisas. Esta iglesia es justamente reconocida por su fachada decorada con un complejo programa iconográfico y en un relativo buen estado de conservación. Esther Lozano la fecha en torno a 1170.
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- LOZANO LÓPEZ, Esther (2007). La portada de Santo Domingo de Soria. Estudio formal e iconográfico. Tesi. Universitat Rovira i Virgili
- PALOMERO, Félix (1991). Santo Domingo de Soria. Arte y artistas, las relaciones con el arte románico soriano, burgalés y silense. Liño, núm. 10
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- RODRÍGUEZ MONTAÑÉS, José Manuel (2002). Enciclopedia del Románico en Castilla y León. Soria III. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real