Tradicionalmente, se ha considerado que fue san Francisco quien dio los primeros pasos por el establecimiento de los franciscanos en este lugar, durante su estancia en Soria en 1214. La fundación efectiva se haría más adelante y ya tendría actividad, al menos, en 1227, fecha en la que se celebró un Capítulo General en este lugar.
Se convirtió en una casa de regular importancia y muchas personalidades se hicieron enterrar en ella. Sin embargo, el lugar fue víctima de un incendio en 1618 que afectó a la parte conventual, que tuvo que reedificarse. Ya en el siglo XII, sufrió severamente los efectos de la guerra de la Independencia, debido a la cual incluso se ordenó su derribo, lo que se llevó a cabo sólo en parte. En 1835, con la desamortización, llegó la exclaustración definitiva. Más adelante se instalaría en este lugar el hospital de Santa Isabel. Desde 1971 es una parroquia.
Presbiterio
Fotografía de Jl FilpoC, en Wikimedia
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En el centro de la ciudad de Soria