Tradicionalment, s'ha considerat que fou sant Francesc qui va fer els primers passos per l'establiment dels franciscans en aquest lloc, durant la seva estada a Sòria l'any 1214. La fundació efectiva es faria més endavant i ja tindria activitat, almenys, el 1227, data en què es va celebrar un Capítol General en aquest lloc.
Va esdevenir una casa de regular importància i moltes personalitats s’hi van fer enterrar. El lloc, però, fou víctima d’un incendi l’any 1618 que va afectar la part conventual que es va haver de reedificar. Ja al segle XII, va patir severament els efectes de la guerra del Francès, a causa de la qual fins i tot es va ordenar el seu enderroc, cosa que es va portar a terme només en part. El 1835, amb la desamortització, va arribar l’exclaustració definitiva. Més endavant s’hi instal·laria en aquest lloc l’hospital de Santa Isabel. Des del 1971 és una parròquia.
- ARTIGAS Y COROMINAS, Pelayo (1928). Los conventos franciscanos de Soria. Boletín de la Sociedad Española de Excursiones. Madrid
- HERNÁEZ, Domingo; i altres (1722). Primera parte de la Chronica de la provincia de Burgos, de la Regular Observancia de Nuestro Padre San Francisco. Madrid: G. Roxo
- LOPERRAEZ, Juan (1788). Descripcion histórica del Obispado de Osma. Madrid: Imp. Real
- NÚÑEZ MARQUÉS, Vicente (reed. 1999). Guía de la S. I. catedral del Burgo de Osma y breve historia del obispado de Osma. Sòria
- RABAL, Nicolás (1889). España, sus monumentos y artes, su naturaleza e historia. Soria. Barcelona: Cortezo