Hom creu que els hospitalers es van establir a Sòria al segle XII, però potser aquella presència es limitava a mantenir algunes possessions. No és fins al segle XIII i XIV que s'esmenta el comanador de Sòria, possiblement en una primera etapa aquesta casa era un simple priorat i no fou fins al segle XVI que s'hi va establir formalment una comanda.
El 1580 hom troba Rodrigo de Mexía com comanador. Durant el segle XVII el monestir va patir un procés de deteriorament, indicatiu de la minsa vitalitat de la casa i a mitjan segle XVII l'església ja no tenia culte. La casa va quedar pràcticament abandonada fins que es va posar sota protecció pública a finals del segle XIX. Actualment, només es conserva la seva església i el singular claustre al seu costat.
L'església és una construcció simple de nau única, anterior a l'arribada dels hospitalers. L'entrada al presbiteri està flanquejada per dos baldaquins una mica posteriors a la construcció de l'església, cap al 1200. Cada templet està suportat per columnes, en grups de quatre, i capitells historiats. El claustre és un element que caracteritza aquest monestir, la seva construcció es va desenvolupar en dues etapes, la primera integrada pels arcs de mig punt característics del romànic i la segona amb unes singulars arcuacions d'inspiració islàmica, que caldria situar en el segle XIII.
Galeria oriental del claustre
Galeria sud del claustre
Galeria occidental del claustre
Galeria nord del claustre
- ÁVILA JALVO, José Miguel (2020). El claustro de San Juan de Duero: Análisis constructivo. Academia, núm. 122-123
- EWERT, Christian (1975). Sistemas hispano-islámicos de arcos entrecruzados de San Juan de Duero en Soria: las arquerías del claustro. Cuadernos de la Alhambra, núm. 10-11
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel (1999). Enciclopedia del Románico. Soria. Aguilar de Campoo. Fundación Santa María La Real
- LAMPÉREZ, Vicente (1904). San Juan de Duero. Boletín de la Sociedad Española de Excursiones. Núm. XII-136
- MARTíNEZ, Javier (2009). San Juan de Duero y el Sepulcrum Domini de Jerusalén. Siete maravillas del románico español. Aguilar de Campoo: F. S. María la Real
- MERELLO DE MIGUEL, Teresa (2021). San Juan de Duero, análisis de un claustro único. Universidad de Alcalá
- RABAL, Nicolás (1889). España, sus monumentos y artes, su naturaleza e historia. Soria. Barcelona: Cortezo
- RAMÍREZ ROJAS, Teodoro (1905). San Juan de Duero. Soria. Soria: P. Rioja
- RINCÓN, Wifredo (2015). Patrimonio artístico de la Orden de San Juan de Jerusalén en España: una aproximación y algunos ejemplos. La Orden de Malta en España (1113-2013). Vol. 2. Madrid: Sanz y Torres
- TERÉS, Elías; i altres (2008). Monasterio de San Juan de Duero, Soria. Ochoa Editores
A llevant de la ciutat, a l'altre costat del riu