El convent de San Francisco de Pastrana fou fundat pels franciscans de La Salceda. Cap al 1437, des d'aquella casa es va establir el nou convent de Santa María de Gracia al lloc de Valdemorales, impulsat per Juan de Peñalver, ell mateix va demanar a les autoritats eclesiàstiques el trasllat a Pastrana, el 1460 va obtenir el vistiplau del papa Pius II, amb la col·laboració de l'orde de Calatrava, senyors de la vila, representada per Pedro Girón, qui va finançar part de la construcció del convent.
El 1539, la vila va passar a mans d'Ana de la Cerda i després a Ruy Gómez de Silva, duc de Pastrana, aquesta casa ducal va intervenir en la construcció de nous edificis a la població, aquest convent, també es va beneficiar de la situació i va rebre donacions a favor seu. Amb el temps es va convertir en una rellevant casa d'estudis. El convent, aixecat en la segona meitat del segle XV, es va modificar i ornamentar gràcies a la casa ducal de Pastrana a mitjan segle XVI, després, als segles XVII i XVIII, es va modificar profundament. La vida conventual va acabar amb la desamortització i el conjunt de construccions es van destinar a finalitats diverses, presó, hospital, caserna i escoles, el 1838, l'església va recuperar temporalment el culte. S'han iniciat importants treballs de restauració.
- ALEGRE, Esther (1999). Las villas ducales como tipología urbana, el ejemplo de la villa ducal de Pastrana. Tesi doctoral. UNED
- DE LA HOZ, Juan de Dios (2017). Memoria del proyecto básico y de ejecución. Restauración de la iglesia del antiguo convento de San Francisco. Ayuntamiento de Pastrana
- HERRERA, Antonio (1974). Monasterios y conventos en la provincia de Guadalajara. Guadalajara: I.C. Marqués de Santillana
- PÉREZ Y CUENCA, Mariano (1871). Historia de Pastrana y sucinta noticia de los pueblos de su partido. Madrid: Aguado
- SALAZAR, Pedro de (1612). Crónica y historia de la fundación y progresso de la Província de Castilla. Madrid: Imprenta Real