Se trata de un monasterio de fundación antigua que ya existía en el siglo X, aunque quizás sólo como iglesia. Era un establecimiento femenino que en 1108 estaba dirigido por la abadesa Aldonza. Fue dotado por Alfonso VII en el año 1129, que le otorgó carta de inmunidad. A finales del siglo XIV la casa estaba administrada por seglares que la llevaron a su decadencia, apropiándose de sus bienes en lugar de protegerlos tal como se deseaba, lo que generó una serie de quejas y litigios durante muchos años.

Fue suprimido por la reforma observante el 1499, anexionando sus bienes a San Paio de Antealtares. En aquella ocasión la última abadesa de Eire fue recluida, según parece a la fuerza, en San Paio pero consiguió escapar y denunciar los hechos logrando pactar con el decano de Santiago, Diego de Muros, quien la defendió y manteuvo su dignidad abacial de por vida a cambio de dejar los bienes de la abadía al Hospital Real de Santiago, al frente del cual estaba Diego de Muros. A la muerte de la abadesa, en 1508, los bienes de San Miguel fueron incorporados en un primer momento a Santo Estevo de Ribas de Sil, pero después de un largo litigio en 1519 se incorporaron definitivamente al Hospital Real de Santiago.