Los orígenes del monasterio son antiguos y confusos, se ha considerado un documento del 968 como fundacional, pero éste no parece fiable. El 1121 el lugar fue entregado por la reina Urraca I y su hijo Alfonso VII de León a un tal Oduario Ordóñez, pero tampoco este documento es aceptado unánimemente. El primer documento seguro es una donación a favor del monasterio otorgada el 1173.

A mediados del siglo XV el monasterio cisterciense de San Clodio do Ribeiro (Leiro) intentó hacerse con el monasterio e incluso en 1451 el papa Nicolás V actuó a su favor, pero el obispo de Ourense aprobó el nombramiento de una nueva abadesa (1452) lo que frenó la anexión a San Clodio. Finalmente una vez fallecida la abadesa y antes de un nuevo nombramiento, en 1477 el abad de San Clodio ocupó por la fuerza el monasterio de San Miguel anexionándolo y acabando con la comunidad femenina.