Els orígens del monestir són antics i confusos, hom ha considerat un document del 968 com fundacional, però aquest no sembla fiable. El 1121 el lloc fou donat per la reina Urraca I i el seu fill Alfons VII de Lleó a un tal Oduario Ordóñez, però tampoc aquest document és acceptat unànimement. El primer document segur és una donació a favor del monestir atorgada el 1173.

A mitjan segle XV el monestir cistercenc de San Clodio do Ribeiro (Leiro) va intentar fer-se amb el monestir i fins i tot el 1451 el papa Nicolau V va actuar a favor seu, però el bisbe d’Ourense va aprovar el nomenament d’una nova abadessa (1452) el que va frenar l’annexió a San Clodio. Finalment un cop morta l’abadessa i abans d’un nou nomenament, el 1477 l’abat de San Clodio va ocupar per la força el monestir de San Miguel annexant-lo al seu i acabant amb la comunitat femenina.