Aquest monestir, tot i les llegendes que situen el seu origen al segle VI, fou fundat i dotat per Álvaro i Sabita el 928 com a monestir mixt. Cap el 1100 seguia la Regla de Sant Benet, el 1185 el papa Luci III el va donar a l’església d’Ourense. Hom ha dit que el 1225 va afiliar-se al Cister, però hi ha autors que situen aquest canvi al segle XV i no de forma segura fins el 1451.

El 1446, quan va morir l’abadessa del monestir femení de San Miguel de Bóveda, l’abat de San Clodio va intentar fer-se amb la seva propietat i fins i tot el 1451 el papa Nicolau V va actuar a favor seu, però el bisbe d’Ourense va aprovar el nomenament d’una nova abadessa (1452) el que va frenar l’annexió a San Clodio. Finalment un cop morta la nova abadessa i abans d’un nou nomenament, el 1477 l’abat de San Clodio va ocupar per la força el monestir de San Miguel annexant-lo al seu el 1482 i acabant amb la comunitat femenina. El 1536 va ingressar a la Congregació Cistercenca de Castella.

Amb la desamortització, els monjos foren desallotjats i el monestir ocupat per una caserna, però a finals del mateix segle es va poder recuperar la seva funció religiosa. Ara és un hotel.