Els orígens d’aquest monestir són insegurs, hom ha suposat que Santa María de Melón s’havia fundat a Bárcena i que entre el 1155 i 1159 s’hauria traslladat aquí. De fet, el primer document fiable que esmenta aquest lloc porta la data de 1154 i esmenta l’abat de Melón, Giraldo. Inicialment era un monestir benedictí, que possiblement el 1225 va demanar unir-se al Cister. Després d’això es deurien emprendre obres de millora de l’establiment.