Los orígenes de este monasterio son inseguros, se ha supuesto que Santa María de Melón había fundado en Bárcena y que entre el 1155 y 1159 se habría trasladado aquí. De hecho, el primer documento fiable que menciona este lugar lleva la fecha de 1154 y menciona el abad de Melón, Giraldo. Inicialmente era un monasterio benedictino, que posiblemente el 1225 pidió unirse al Cister. Después de esto se deberían emprender obras de mejora en el establecimiento.