El monasterio de Irache, está documentado desde el siglo X, la primera noticia que se dispone de él es del año 958, cuando se encuentra en el abad Theudano frente a la casa, aun así, tradicionalmente se considera que la fundación podría ser anterior a esa fecha. En 1050, García Sánchez III el de Nájera, entregó una finca al monasterio con el fin de levantar un hospital para atender las necesidades de los viajeros en su camino hacia Santiago de Compostela, que discurría junto a Irache.
Bajo el largo abadiato de San Veremundo (c1055-1099), Irache vivió la época de mayor prosperidad y prestigio, cuando las donaciones reales lo habían convertido en un centro poderoso y rico. A finales de ese siglo empezó a desarrollarse Estella, tanto la población como el monasterio se beneficiarían de la nueva situación, durante el siglo XII y principios del XIII se llevaron a cabo importantes obras de construcción en el monasterio. Con el siglo XVI llegó una época de decadencia, desde 1522 empezó a tener abades comendatarios, pero en 1531 se unió a la Congregación de San Benito de Valladolid y esto le devolvió la vitalidad perdida. En 1544 se fundó un colegio, que en 1569 se convirtió en Universidad, institución que tuvo una evolución análoga a la del monasterio. En esa época se realizaron algunas construcciones, como son los claustros viejo y nuevo (de los siglos XVI y XVII, respectivamente).
La guerra de la Independencia fue el inicio del fin del monasterio; en 1809 y 1820 los monjes se vieron obligados a abandonar su casa, en 1824 se cerraba la universidad. El golpe definitivo vino con la desamortización, en 1835, cuando la comunidad monástica fue suprimida. En 1874, Irache se reutilizó como hospital. En 1887 fue cedido a los escolapios, que hizo uso de él hasta 1984. En 1986 el Gobierno de Navarra pasó a hacerse cargo del monumento.
Del conjunto monástico cabe destacar la iglesia, único resto medieval del conjunto, levantada en el siglo XII. Ésta es de planta basilical, con tres naves y crucero no aparente en planta. En la intersección de la nave central y el transepto hay una cúpula, reconstruida en el siglo XVI o XVII. La cabecera es netamente románica. El claustro viejo es plateresco, de la primera mitad del siglo XVI, se comunica con la iglesia por la Puerta Speciosa, un bello ejemplar renacentista. El claustro nuevo pertenece a la última etapa constructiva, el siglo XVII, cuando se instaló la Universidad, que sirve ahora de fachada al conjunto monástico.
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