El monestir d'Irache, està documentat des del segle X, la primera notícia que hom disposa és de l'any 958, quan es troba a l'abat Theudano al davant de la casa, així i tot, tradicionalment es considera que la fundació podria ser anterior a aquesta data. El 1050, Garcia Sanxes III el de Nájera, va lliurar una finca al monestir amb la finalitat d'aixecar-hi un hospital per atendre les necessitats dels viatgers en el seu camí cap Santiago de Compostel·la que passava a tocar d'Irache.
Sota el llarg abadiat de Sant Veremundo (c1055-1099), Irache va viure l’època de més prosperitat i prestigi, quan les donacions reials l'havien convertit en un centre poderós i ric. A finals d’aquell segle va començar a desenvolupar-se Estella, tant la població com el monestir es beneficiarien de la nova situació, durant el segle XII i començament del XIII es van portar a terme importants obres de construcció al monestir. Amb el segle XVI va arribar una època de decadència, des del 1522 va començar a tenir abats comendataris, però el 1531 es va unir a la Congregación de San Benito de Valladolid i això li va retornar la vitalitat perduda. El 1544 s'hi va fundar un col·legi, que el 1569 es va convertir en Universitat, institució que va tenir una evolució anàloga a la del monestir. En aquesta època es van realitzar algunes construccions, com són els claustres vell i nou (dels segles XVI i XVII, respectivament).
La guerra del Francès va ser l'inici del final del monestir; el 1809 i el 1820 els monjos es van veure obligats a abandonar la seva casa, el 1824 es tancava la universitat. El cop definitiu va venir amb la desamortització, el 1835, quan la comunitat monàstica fou suprimida. El 1874, Irache es va reutilitzar com hospital. El 1887 fou cedit als escolapis, que en var fer ús fins al 1984. El 1986 el Govern de Navarra va passar a fer-se càrrec del monument.
Del conjunt monàstic cal destacar l'església, única resta medieval del conjunt , aixecada en el segle XII. Aquesta és de planta basilical, amb tres naus i creuer no aparent en planta. A la intersecció de la nau central i el transsepte hi ha una cúpula, refeta al segle XVI o XVII. La capçalera és netament romànica. El claustre vell és plateresc, de la primera meitat del segle XVI, es comunica amb l'església per la Puerta Speciosa, un bell exemplar renaixentista. El claustre nou pertany a la darrera etapa constructiva, el segle XVII, quan s'hi va instal·lar la Universitat, la qual serveix ara de façana al conjunt monàstic.
- DE MIGUEL MARTÍNEZ, Ángel (2003). Monasterio de Irache. A la sombra de Montejurra. Lleó: Edilesa
- GARCÍA FERNÁNDEZ, Ernesto (1989). Santa María de Irache. Expansión y crisis de un señorío monástico en la Edad Media (958-1537). Bilbao: Univ. País Vasco
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel (dir.); i altres (2008). Enciclopedia del Románico en Navarra. Fundación Santa María la Real, Centro de Estudios del Románico
- GOÑI GAZTAMBIDE, José (2008). Orígenes de la universidad benedictina de Irache. Príncipe de Viana, núm. 245
- MARTÍNEZ, Carlos J. (2017). Del románico al gótico en la arquitectura de Navarra: Monasterios, iglesias y palacios. Gobierno de Navarra
- SAGASTI, María José (2000). Arquitectura del seiscientos en el monasterio de Irache. Ondare, núm. 19
- URANGA, José E. (1942). Esculturas románicas del Real Monasterio de Irache. Príncipe de Viana, núm. 6