Bien que les Dominicains aient déjà été présents dans la ville d’Agen dans des affaires liées à l’Inquisition, le couvent des Jacobins d’Agen ne fut fondé qu’en 1249. Son promoteur fut l’inquisiteur Bernard de Caux († 1252), qui fit venir les premiers frères dominicains. À sa mort, il fut enterré en ce lieu. Alphonse de Poitiers (1220-1271), comte de Poitiers et frère de Louis IX de France, soutint l’établissement de cette nouvelle maison en fournissant les terrains nécessaires à sa construction.
Après avoir surmonté l’opposition initiale d’autres institutions religieuses de la ville, qui voyaient avec méfiance l’arrivée d’une nouvelle communauté, le couvent se développa et s’agrandit, fondant même une école universitaire. En 1561, Agen fut occupée par les huguenots, ce qui causa de nombreux dégâts aux églises de la ville. En ce qui concerne le couvent des Jacobins, bien qu’il ait été occupé et que la communauté dominicaine ait été expulsée, il ne subit pas de pertes matérielles majeures. Cependant, en 1565, le couvent fut la cible d’un épisode militaire qui provoqua des destructions importantes, des pertes humaines, ainsi que la disparition de biens matériels et de documents précieux.
La reprise fut lente et le couvent ne retrouva jamais sa splendeur d’autrefois. En 1790, lors de la Révolution française et alors que la maison était en déclin, les Dominicains furent contraints de quitter le couvent. L’année suivante, ses biens mobiliers et ses bâtiments furent vendus en plusieurs lots. Seule l’église fut préservée et, en 1807, elle retrouva sa fonction cultuelle en devenant l’église paroissiale Notre-Dame des Jacobins. Désacralisée aujourd’hui, elle fait partie depuis 1990 des dépendances du musée des Beaux-Arts d’Agen.
L’église qui subsiste date de la première période du couvent, construite dans la seconde moitié du XIIIᵉ siècle, avec diverses modifications et restaurations au fil du temps. Elle est de plan rectangulaire, avec trois piliers qui divisent l’intérieur en deux nefs. Le bâtiment est en briques, à l’exception des colonnes en pierre qui soutiennent les voûtes. À l’intérieur, on peut encore voir des éléments de décoration murale médiévale.
- LAUZUN, Philippe (1889). Les couvents de la ville d'Agen avant 1789. Couvents d'hommes. Agen: Michel et Médan
- THOLIN, Georges (1874). Études sur l'architecture religieuse de l'Agenais. Agen, Michel